在我国目前快速的工业化和城市化过程中，城镇周围大都被农村集体土地所包围，城市发展不可避免地需要进行农村集体土地房屋拆迁。但是由于我国相关法律法规不完善以及农村集体土地房屋产权不清晰，造成了政府滥用征地拆迁权利、压低补偿标准等一系列侵害农民权益的行为。同时由于农民合理权益得不到保障，农民在集体土地房屋拆迁中抵触情绪强烈，这一现象引起的社会矛盾和社会冲突已经愈演愈烈，甚至酿成了群体性事件，影响社会稳定，也成为城市经济发展的瓶颈和社会焦点问题。因此，对农村集体土地房屋拆迁补偿进行研究，对于解决目前拆迁补偿中的政府权利过大、补偿标准偏低等问题，对于维护社会稳定和保障城市建设顺利开展等都具有重要意义。 农民集体土地房屋拆迁不单单是对农民个人进行土地、房屋补偿，而是关系到农民集体土地产权制度改革和征地制度改革的系统工程。作为一个系统工程，它牵一发而动全身，涉及观念、体制、法律法规、利益调整等方方面面，很难在短期内一蹴而就。本文尝试通过对南京市征地拆迁补偿政策的分析，构建新的拆迁补偿思路，也即从明晰和完善农民集体土地产权体系出发，按照公平、公开、合理、科学的原则，实现被拆迁房地产产权权益的有序合理转移，并依法分配土地增值收益，即以新的产权流转体系代替现有的征地拆迁补偿制度，达到切实保护农民土地产权利益的目的。本文是在此背景下开展的，全文共分五个部分。 首先，介绍了论文的研究背景、研究目的和意义，提出了研究内容和论文的技术路线。 其次，概述了房地产产权理论、土地价值理论、房地产评估理论、房地产税收理论等相关基础理论，并从征地拆迁模式、法律法规建设、产权制度创新、集体土地流转四个方面对我国目前与农村集体土地房屋拆迁相关的理论研究进行了述评，同时对我国出现的不同形式的拆迁补偿办法，选取典型城市和试点城市进行了概述。 然后，选取南京市为研究区，对南京市农村集体土地房屋拆迁补偿概况和政策变迁历程进行了介绍，对其变化原因和补偿标准变化进行了对比分析。接着将南京市现有的集体房屋拆迁补偿标准与城市拆迁补偿标准相比较，对南京市现有的货币化结合实物安置补偿模式进行了经济分析和评价，指出南京市现有的征地拆迁补偿政策不能合理体现农民权益的主要原因是房地产增值利益分配不合理。本文尝试使用土地增值理论按照国家、集体、个人不同的土地发展权权利进行房地产增值收益的划分，指出我国房地产增值收益划分困难主要是房地产外部经济效益难以区分来源。通过分析讨论，本文提出了以国家税收手段为依据的新的拆迁补偿流转思路，并按照该思路对南京市现有的征地拆迁补偿政策提出了相关政策建议。 再者，尝试构建新的农村集体土地房屋拆迁补偿流转体系。通过对征地拆迁相关的理论述评和相关城市的实践探索以及南京市的实例分析，按照公平、公开、合理、科学的补偿要求，提出了农村集体土地房屋现有房地产权益、房地产增值量的确定方法，并提出使用投资方向调节税和土地增值税等国家税收手段在国家与集体之间进行房地产总增值收益分配、按照“谁投资，谁收益”原则在集体、企业与个人之间进行集体增值收益分配的增值量分配思路。同时，根据拆迁增值收益来源与大小的不同，划分了规划区内、规划区外和远郊区三种不同的补偿形式和补偿办法。 最后，总结了本文研究的主要结论和创新点，对今后研究作了展望。