FXR1P蛋白结合结构域的鉴定及相关小分子RNA的筛选

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脆性X综合征是最常见的遗传性智力低下疾病之一,由FMR1编码产物FMRP的表达下降或缺失引发疾病。FXR1与FMR1有高度的序列及结构相似性,属于脆性X基因家族。FXR1编码产物FXR1P与FMRP在氨基酸序列上具有极高的同源性,属于脆性X蛋白家族。FXR1P是一种对于神经和肌肉系统发育有重要调控作用的蛋白,具有RNA与蛋白质结合功能。FXR1P蛋白及RNAs结合特性研究在一定程度上有助于了解FXR1P的调节机制及其基本功能,进而明确FXR1P与脆性X综合征发病机制的关系。目的:1用FXR1P与CMAS这对经验证有相互作用蛋白质,对FXR1P分子内的蛋白结合结构域进行鉴定,研究FXR1P的蛋白结合特性,揭示FXR1P与蛋白质相互作用的分子机制。2对人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞中的FXR1P与小分子RNA结合情况进行研究,筛选可与FXR1P相互作用的小分子RNAs,鉴定其种类,探索FXR1P与小分子RNAs之间的关系,揭示FXR1P调节目标mRNA的分子机制。方法:1利用蛋白质结构域在线分析工具PDB数据库,对FXR1P分子进行分析,预测FXR1P的蛋白结合结构域,设计引物扩增可表达包含不同结构域FXR1P分子的基因,产物构建到pGBKT7载体,酵母双杂交鉴定表达产物与CMAS的相互作用情况,确定相互作用的关键区域。2利用RNA结合蛋白免疫沉淀技术,在人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞中筛选与FXR1P有相互作用的小分子RNAs,3’和5’端加特定接头后逆转录为cDNA单链,设计引物进行PCR扩增,回收PCR产物后连接至T载体,转化大肠杆菌DH5α,挑取阳性克隆测序,生物信息学分析确定小分子RNA种类。结果:1成功构建了pGBKT7-FXR1Δ402和pGBKT7-FXR1Δ450两种表达不同N端FXR1P的重组质粒,经检测无自激活性;酵母双杂交结果显示,FXR1P N端第134–150之间的17个氨基酸残基是与CMAS相互作用的关键区域;2利用RNA结合蛋白免疫沉淀技术,从SH-SY5Y细胞中筛选得到一种可结合FXR1P大小为23nt的小分子RNA,将其命名为small RNA-X。?结论:1 FXR1P的N端第134–150之间17个氨基酸残基是其蛋白结合的关键区域;2 RIP技术从SH-SY5Y细胞中筛选得到可结合于FXR1P的新小分子RNA,并将其命名为small RNA-X。
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