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目的：矮小症的基因检测未在国内临床中广泛开展,很多单基因病尚未被诊断。且我国对矮小症的单基因病背景缺乏大规模的人群研究。本研究应用靶向基因捕获联合二代测序技术的方法对矮小症患者进行基因检测和病因诊断,旨在探究中国人群中病理性矮小症的单基因疾病谱,建立矮小症基因检测的方法并验证方法的有效性。方法：对门诊矮小患者进行临床评估和资料收集,纳入68例病因不明或可能与单基因突变相关的矮小患者,对其进行全血DNA提取,应用定制基因芯片对466个矮小相关基因的外显子进行捕获和二代测序,对变异进行筛选、解读和验证,发现致病基因突变和明确病因诊断。结果：68例矮小患者根据临床诊断分为五类,包括生长激素缺乏症20例,甲状腺功能减退症8例,骨软骨发育不良16例,综合症16例,特发性矮小症8例。1、总体检出结果：经变异检测、筛选和解读,在24例患者中检出23个基因突变,可能为患者的遗传病因,总检出率为35.3%。其中包括10例骨软骨发育不良、8例综合征、4例原发甲状腺功能低下、1例生长激素缺乏症和1例特发性矮小症。11个突变已经文献报道,12个突变未经报道。2、骨软骨发育不良疾病检测结果：变异检出率为62.5%,包括2例FGFR3突变、1例NPR2突变、2例COL2A1突变、3例FBN1突变、1例TRAPPC2突变和1例ARSE突变。其中6例有报道,4例未经文献报道。3、综合症检测结果：变异检出率为50%,包括5例单核苷酸变异和3例拷贝数变异。其中3例有文献报道,5例无文献报道。单核苷酸变异包括2例PTPN11突变、1例KRAS突变、1例NIPBL突变和1例PORCN突变。拷贝数变异分别为染色体17p13.3大片段杂合缺失、染色体4p16.3大片段杂合缺失和NFl基因2-15外显子的杂合重复。4、甲状腺功能减退症检测结果：变异检出率50%,包括2例NKX 2-1突变、1例NKX2-5-突变和1例PAX8突变。3例突变有文献报道,1例突变无报5、生长激素缺乏症检测结果：1例患者检出一条X染色体短臂杂合缺失和长臂杂合重复。6、特发性矮小症检测结果：1例患者检出位于染色体14q24.3的大片段杂合重复。结论：二代测序联合靶向基因捕获法能够解释35.3%的病理性矮小症的病因,它是一种准确、高效、低成本的基因变异检测方法,为临床矮小症的基因诊断和大规模研究提供了较好的途径。