对虾养殖是我国水产养殖产业的重要组成，其养殖技术受到了外界的不断关注，随着水产养殖模式与养殖结构的不断完善，生态型可持续发展对虾养殖模式逐步被实现。通过改善水质，不断探索新型生态对虾养殖模式，从而更好地实现各项效益。养殖水体的生态环境情况是实现健康养殖的关键，同时水体中的理化因子及微生物群落多样性情况对健康的生态养殖也发挥着重要作用。因此，研究养殖水体中各项指标之间的变化规律，对进一步改善养殖生态系统有着重要意义。本文针对不同混养模式下的养殖池塘水体为实验对象，不同的混养模式包括：虾蟹混养模式，虾蟹贝混养模式和虾蟹贝鱼混养模式。引用PCR-DGGE技术分析各养殖水体在连续五个月（2013年6月-10月）中的微生物群落结构组成及变化，并且连续五个月对养殖水体中的理化指标进行测定。最终通过对DGGE指纹图谱的分析，结合对应的环境理化指标的统计学分析，对环境因子与微生物群落多样性之间的关系进行了初步探讨。为进一步对养殖水体的细化研究和改善养殖水体奠定了基础，提供了参考数据。主要结果如下：A.优化了研究养殖水体的PCR-DGGE技术方法，获得了较好的电泳图谱效果：收集粒径在0.22-0.45μm的微生物，采用CTAB法提取水样中的总DNA，确定了td-PCR的反应体系及反应条件。DGGE的变性梯度为40%-60%，电泳条件为：温度60℃，电压60V，时间16h。采用溴化乙锭(EB)避光染色。B.虾蟹贝混养2池各取样点6-10月份养殖水体的DGGE图谱中，处于不同位置的条带数为25条，即25OTUs，其中9个OTUs在整个养殖期都出现过。8-9月份是养殖池中微生物种群多样性和丰度均较高的月份，6、10月份多样性较低，虾蟹贝混养2池水体中微生物群落分布存在季节性。UPGMA聚类分析发现：虾蟹贝混养2池各取样点在6-10月的微生物群落结构可以大分为2个相似的组分，并且各月份之间相似度高，8、9、10月份之间相似度极高，这反映同一养殖池中微生物群落结构组成随时间产生了连贯性变化，养殖水体稳定性高。C.不同养殖模式下定点6-10月份养殖水体DGGE图谱中，处于不同位置的有18个条带，即18OTUs，8个OTUs光密度值较高、丰度较大。6月各养殖模式下养殖水体中微生物群落多样性较其他月份低。UPGMA聚类分析发现：各池在养殖期间的微生物群落结构分为两大类，各混养模式下养殖水体微生物多样性相似度较小。这与不同混养模式中环境因素、多样性因素等综合条件有着密切联系。D.应用偏相关分析（PC）和主成分分析（PCA）分析虾蟹贝混养2池在养殖期间各理化指标及多样性之间的关系，发现许多变量之间都存在着相关性。这些理化指标及多样性可以归纳为三个主成分，第一主成分、氨氮含量、条带数和溶解氧含量在本研究中对虾蟹贝混养2池水体中的生态结构起着重要作用。E.应用偏相关分析（PC）和主成分分析（PCA）分析各池在养殖期间的各项理化指标与多样性情况，发现许多变量之间存在着显著的相关性。进一步分析后发现，上述变量可以通过两个主成分表示，养殖水体中的水温、盐度、pH、溶解性总氮、可溶性碳、溶解氧和条带数对水体的综合信息发挥着重要影响。