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本研究以国内主要推广品种和本实验室保存的各种育种材料共227份构成天然混杂群体,对20个目标性状进行了田间调查,在遗传多样性分析和连锁不平衡分析的基础上开展了关联分析,旨在挖掘与目标性状关联的分子标记位点,为QTL精细定位和分子标记辅助育种提供依据。主要结果如下:1、表型多样性分析表明,目标性状变异系数为10.00%-45.30%,群体表型多样性较为丰富。变异幅度最大的性状是主茎穗位高。2、对表型数据进行基于主成分的聚类分析:共提取7个主成分,累计贡献率达87.72%,以7个主成分因子作为变量进行系统聚类,在平方欧式距离等于20时将群体聚成三大类群。3、从156对SSR引物中筛选出39对多态性引物用于扫描群体,共检测到154个等位变异,平均每个标记4个,变化范围为2-8个。主要位点频率(MAF)值范围为0.1788-0.8214,平均为0.547。杂合度变化范围为0.0275-0.6732,平均为0.1921。基因多样性值变化范围为0.3076-0.8645,平均为0.5694。多态性信息量(PIC)值变化范围为0.2838-0.8492,平均为0.5021。表明研究群体有较高的遗传多样性。4、39对引物间共有741成对位点组合,其中632对存在连锁不平衡,占总对数的85.29%。D′值范围为0.0793~0.849964,平均值为0.35144。在统计概率p<0.05时有466个、p<0.01时有391个组合存在连锁不平衡。有103个成对位点组合存在较高程度的连锁不平衡(D′>0.5)。5、在K=2时ΔK出现最大折点,故将群体划分为两个亚群。以Q≥0.70作为入群标准,86.98%的蓖麻材料被划分到相应类群,尚有25份材料未被归入这两个亚群。6、在p<0.001水平下,挖掘出与株高、主穗位高、茎粗、主穗长、主茎蜡层、蒴果大小、主穗种子的长、宽、厚等9个性状的关联标记位点8个,标记的表型变异解释率为0.0747-0.2461。其中标记RCM1341、RCM1727、RCM583同时与两个或两个以上性状极显著关联;在p<0.01水平下,挖掘出与17个性状显著关联的标记位点18个,表型变异解释率为0.045-0.1902,其中有9个标记同时与2个或2个以上表型性状显著关联。20个目标性状中有18个检测到到与之对应的关联标记位点,39对多态性SSR标记中22对与表型变异达到极显著或显著关联,占总标记数的56.41%,说明SSR标记应用于关联分析具有较高效率。