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粗壮秦艽Gentiana robusta King ex Hook.f.为传统藏药“解吉”的基原植物之一，该物种广泛分布于我国西藏地区，且与多个近缘种呈同域分布现象。其种内个体形态特征变异幅度较大，遗传背景复杂，与麻花艽等近缘物种易发生混淆，导致品种混乱。 鉴于传统生药学鉴定方法的局限性，本文在野外考察、植物分类学研究基础上，测定ITS区及叶绿体基因组多片段序列，通过对其进行遗传多样性分析及与近缘物种进行DNA分子鉴定研究，初步揭示了粗壮秦艽的遗传背景，并有效将粗壮秦艽与其同域近缘物种进行鉴别。本研究可为遗传背景复杂多样的药用植物物种鉴定提供思路与参考。具体研究内容如下: 1.通过标本查阅、野外考察、标本采集与分类学鉴定，确定粗壮秦艽原植物的系统位置为龙胆科龙胆属秦艽组粗壮秦艽Gentiana robusta King ex Hook.f.。共采集西藏地区4个居群12个粗壮秦艽样品，采集并鉴定同域分布的近缘物种麻花艽G straminea Maxim.、粗茎秦艽G crassicaulis Duthie ex Burk.、长梗秦艽G waltonii Burk.及外类群椭圆叶花锚Halenia ellipticaD.Don各3个样品。 2.基础序列的获得:直接测定了粗壮秦艽及其近缘物种的rDNA ITS区序列及叶绿体DNA的matK、rbcL、rpoC1、trnL(UAA)、psbA-trnH、atpB-rbcL、trnS(GCU)-trnG(UCC)、rpl20-rps12、trnL(UAA)-trnF(GAA)序列240条;粗壮秦艽的ITS区序列存在杂合，通过TA克隆法获得ITS区克隆序列120条。 3.将粗壮秦艽的120条ITS区克隆序列分为11个单倍型，分析该物种的遗传多样性。结果表明将ITS区扩增产物进行一定数量的克隆测序，才能比较真实的反映该多拷贝区的变异情况。粗壮秦艽的ITS区存在较高的多样性，并且ITS区存在致同进化不完全现象。DNA分子证据及形态学特征表明粗壮秦艽为—自然杂交种，麻花艽可能为其母系来源。 4.对粗壮秦艽及其近缘物种进行分子鉴定研究。ITS区序列可鉴定长梗秦艽与粗茎秦艽。通过对9个叶绿体DNA片段的比较，筛选出了7个对粗壮秦艽及其近缘种具有鉴定意义的片段。综合实验结果，本文推荐叶绿体（matK，psbA-trnH，trnS-trnG）组合片段作为粗壮秦艽与其近缘种鉴定的DNA条形码。对于遗传背景丰富多样的药用植物进行DNA分子鉴定时，单一片段并不一定能达到有效鉴定的目的，应当选择多个合适的片段组合来鉴定物种。