【摘 要】
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[目 的]膀胱癌（BC）是泌尿系统中常见的恶性肿瘤,并处于人类最常见的十大恶性肿瘤之中。本研究拟对TCGA数据库BC的RNA测序图谱数据样本进行生物信息学分析,通过一系列筛选方法得到与BC进展可能相关的目的基因,通过研究目的基因在BC细胞中的表达特征和生物学功能,为深入探究其参与调控BC进展的信号通路和作用机制奠定基础。[方 法]运用TCGA数据库中BC的RNA测序图谱数据样本和正常膀胱上皮RNA
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[目 的]膀胱癌（BC）是泌尿系统中常见的恶性肿瘤,并处于人类最常见的十大恶性肿瘤之中。本研究拟对TCGA数据库BC的RNA测序图谱数据样本进行生物信息学分析,通过一系列筛选方法得到与BC进展可能相关的目的基因,通过研究目的基因在BC细胞中的表达特征和生物学功能,为深入探究其参与调控BC进展的信号通路和作用机制奠定基础。[方 法]运用TCGA数据库中BC的RNA测序图谱数据样本和正常膀胱上皮RNA测序图谱数据甄别出满足条件的BC的RNA测序数据,采取GO和KEGG功能富集分析、采用LASSO回归、蛋白互作网络（PPI）的可视化分析、Kaplan Meier-Plotter生存曲线分析研究,预测CLIC3在BC中的表达变化及与BC生存的关联。采用RT-qPCR检测CLIC3在BC细胞株与正常膀胱上皮细胞株中的表达情况。通过siRNA干扰BC细胞株,再次采用RT-qPCR检测CLIC3的表达情况,用CCK-8试剂盒检测CLIC3对BC细胞株体外生长的影响。采用生物医学数据分析盒子、GraphPad Prism version 5.0 和 Microsoft Excel 2013 等软件进行统计学分析及图表绘制,用ANOVA单因素方差分析和T检验来统计学分析不同组别间显著的差异性,所有数据均表示为mean±SEM样式,P＜0.05具有统计学意义。[结果]生物信息学分析获得1221个表达差异基因,上调基因及下调基因分别有1 1 1 0个和1 1 1个;GO富集分析表明上述基因主要集中于细胞外基质成分、白细胞迁移、吞噬作用等生物学过程,细胞构成主要集中于含胶原蛋白的细胞外基质、免疫球蛋白复合物、质膜外侧预测基因等部分,分子功能主要集中于抗原识别联合、细胞外基质结构构成、免疫球蛋白受体识别联合等功能;KEGG功能分析提示上述基因主要富集在金黄色葡萄球菌感染、细胞因子-细胞因子受体互作、PI3K/Akt等信号通路;通过LASSO回归避免数据的共线性,并筛选出部分与生存相关的16个显著差异的基因;将显著差异的基因行PPI可视化分析,发现基因之间出现直接或间接的关联,选择与其他基因及表达蛋白的相互作用关系最为密切的CLIC3作为本研究的目的基因;然后行CLIC3在BC患者中的Kaplan Meier-Plotter生存曲线分析,结果显示CLIC3基因高表达患者的生存时限与低表达患者相比显著较短;根据生信分析结果初步预测CLIC3在BC中呈高表达,并与BC的生存预后息息相关。RT-qPCR检测结果显示CLIC3在BC细胞株中的表达显著高于正常膀胱上皮细胞株,并且BC细胞株经siRNA干扰后,CLIC3的表达水平显著下降。而CCK-8功能实验结果表明CLIC3被干扰后,可显著抑制BC细胞的体外增殖。[结 论]（1）通过TCGA数据库的生物信息学分析,显示CLIC3在BC内呈高表达,并可能与BC的发生和发展具有相关性;（2）经Kaplan Meier-Plotter生存曲线分析,CLIC3高表达组的生存期显著短于低表达组;（3）基于本研究,沉默CLIC3可抑制BC细胞株的体外增殖,为CLIC3作为BC免疫治疗的新型靶向分子标志物进行了有价值的前期探索。
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