论文部分内容阅读
本研究从发病黄鳝体内分离出一株细菌,命名为ASE201307。通过表型和分子鉴定,确定ASE201307为迟缓爱德华氏菌。扩增了ASE201307的16S rDNA、gyrB基因、dna K基因、pyr G基因和pho R基因5个管家基因,进行基于多位点序列分析的分型研究,补充了中国境内迟缓爱德华氏菌的分型种类。进一步对ASE201307进行全基因组测序,并参考已经公布的分离自不同地域和宿主的迟缓爱德华氏菌全基因组序列,进行了比较基因组学分析。主要研究结果如下:1.发病黄鳝的主要症状为肛门红肿,体表和内脏出血。从发病黄鳝肝、脾、肾分离纯化得到一株纯净的细菌,命名为ASE201307。表型和分子鉴定结果显示:ASE201307为短杆状革兰氏阴性菌,16S rDNA和gyr B基因序列与迟缓爱德华氏菌相似性99%,系统发育分析显示与爱德华氏菌属聚为一支,具有产吲哚、产H2S、葡萄糖产气等迟缓爱德华氏菌特有的生理生化特性。人工感染实验表明:ASE201307为本次黄鳝发病的致病菌,半数致死剂量为1.0×106CFU/mL,属于高毒株。药敏试验结果显示:ASE201307对氯霉素、氟苯尼考、复方新诺明、环丙氟哌酸等抗生素敏感,对青霉素、阿莫西林等β内酰胺类抗生素耐药,这可能与迟缓爱德华氏菌分泌的β内酰胺酶有关。2.扩增了迟缓爱德华氏菌ASE201307的16S r DNA、gyr B基因、dna K基因、pyr G基因和pho R基因5个管家基因,并从NCBI上下载了分离自不同地域宿主的10株迟缓爱德华氏菌和1株鮰爱德华氏菌的5个管家基因作为参考序列,进行基于多位点序列分析的分型研究。结果表明:单个基因和串联基因的系统发育树拓扑结构相似,ASE201307均与标准菌株聚为一支。这与目前国内外研究中鱼类致病性迟缓爱德华氏菌与鮰爱德华氏菌具有较近亲缘关系的研究结果不同,ASE201307应为迟缓爱德华氏菌的一个新的基因分型。在之前将鱼类致病性迟缓爱德华氏菌分为北方鲆鲽类和南方鳗鲡类的基础上,我们将ASE201307定义为中部黄鳝类,这一发现补充了我国鱼类致病性迟缓爱德华氏菌的分型类型。3.对迟缓爱德华氏菌ASE201307进行全基因组测序,并选取参考菌株进行比较基因组分析。结果显示:ASE201307基因组组装序列总长度为3.68M,GC含量为57.09%,功能基因主要集中在KEGG蛋白数据库中环境信息处理、遗传信息处理和代谢三大类,COG蛋白数据库中糖类、氨基酸、辅酶等物质的转运和代谢三大类,GO蛋白数据库中代谢过程和细胞生理过程两大类。比较基因组分析中的二维共线性分析、SNP检测、SV检测、非共有基因热度分析和基于SNP的全基因组系统发育分析均表明ASE201307与分离自淡水斑点叉尾鮰的E.tarda FL95.01和标准菌株ATCC15947具有较高相似性,亲缘关系较近。结合张元兴课题组对中国境内迟缓爱德华氏菌的分类厘定,我们建议将迟缓爱德华氏菌根据生存环境分为淡水类、洄游类和海水类三个种类。