云南省猪星状病毒流行病学调查及遗传特征分析

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星状病毒(Astrovirus,Ast V)是一种能引起哺乳类动物和禽类动物肠胃炎的人畜共患传染病病原,给养猪业健康发展带来了严重威胁。然而,在中国猪生产省份之一的云南省,没有关于PAstV流行病学的报告,该省的猪存栏量约为3145万头。鉴于目前云南省尚未开展有关猪星状病毒(Porcine Astrovirus,PAstV)流行病学的调查与研究,本研究使用RT-PCR检测方法对云南省猪群进行PAstV病原流行病学调查,在此基础上,比较了云南省流行的PAstV毒株和参考毒株的主要结构蛋白ORF2的核苷酸和氨基酸序列,构建了遗传进化树,以揭示当前云南省PAstV流行毒株的分子遗传特征。研究结果如下:1.基于实验室建立的PAstV RT-PCR特异性检测方法,对2020年采集自云南省16个州/市的不同规模养猪场的489份样品进行检测,结果显示:共检测到核酸阳性样本195份,总阳性率为39.9%;16个州/市均检测到阳性样本,各州/市的阳性率在14.8%~74.1%之间;哺乳仔猪和断奶仔猪阳性率最高,分别为41.5%和32.8%,育肥猪和种母猪的阳性率分别为12.3%和13.3%。2.在195份PAstV阳性样品中,124份样品存在混合感染,混合感染率为63.6%,与猪博卡病毒(PBo V)、猪札幌病毒(Po Sa V)、猪圆环病毒2(PCV2)、猪轮状病毒(Po RV)、猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪瘟病毒(CSFV)、伪狂犬病病毒(PRV)、传染性胃肠炎冠状病毒(TGEV)和猪德尔塔冠状病毒(PDCo V)九种病原的混合感染率分别为36.4%、24.6%、6.7%、5.6%、5.1%、3.1%、2.1%、1.0%和0.5%。另外,还发现2.1%腹泻样品(4份)为PAstV2和PAstV5混合感染。3.用Meg Align、MEGA软件对获得的7条PAstV2和10条PAstV5云南流行毒株的ORF2基因序列进行同源性比较,并构建遗传进化树。结果显示,7条PAstV2型PAstV ORF2蛋白序列和13条2型参考毒株之间的核苷酸同源性在56.1%~73.5%之间,氨基酸同源性在64.5%~82.8%之间;YN-587-2与参考毒株JF713712(美国)同源性最高,核苷酸同源性为73.5%,氨基酸同源性为82.8%。10条PAstV5型PAstV ORF2蛋白序列和10条5型参考毒株之间的核苷酸同源性在71.0%~96.4%之间,氨基酸同源性在81.9%~99.6%之间;YN-120与参考毒株KP747574(北京)同源性最高,核苷酸同源性为96.4%,氨基酸同源性为99.6%。4.遗传进化分析显示,获得的7条PAstV2 ORF2基因序列与PAstV2型的参考序列均聚类在同一分支,其中6个毒株与来自日本(LC201585)、美国(JX556690、KJ495986、JF713712、NC023674)和上海(HQ647383)的毒株聚为一个亚支;1个毒株(YN-51)与韩国(KP759770)、意大利(MG930777)、北京(KP747573)毒株聚为一个亚支;而获得的云南PAstV5 ORF2基因序列与PAstV5型参考序列聚类在同一分支。本研究完成了对云南省16个州/市PAstV感染状况调查,提示该病在云南省呈现普遍流行的态势;成功获得PAstV2和PAstV5云南流行毒株ORF2基因序列,进行了遗传特征分析,为有效预防和控制该病在云南省的流行提供了科学依据。
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