大菱鲆抗病相关MHC II B等位基因筛选与分析

来源 :中国海洋大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:zhuyanhua421
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目前,由于水产业的高速发展,高密度养殖及环境的恶化使水产鱼类病害频发。培育抗病品种,已成为促进水产业发展的一大重要课题。大菱鲆作为我国重要的养殖鱼类,这一难题也急需解决。MHC II B在先天免疫和后天获得性免疫中起着重要作用,并且已有大量研究证明:MHC II B不同等位基因与机体对病原菌的抗性或易感性有着密切关系。所以,我们研究了大菱鲆MHC II B基因的多态性,以及不同等位基因与大菱鲆抗病性之间的关系。1.大菱鲆致病菌的鉴定我们通过16S rDNA序列分析鉴定了大菱鲆致病菌-迟钝爱德华氏菌。该病原菌来自于实验室保存菌株,是在大菱鲆疾病暴发时期,从其腹腔内分离获取的单克隆。利用细菌16S rDNA保守区引物8F和1492R扩增其16S rDNA部分序列,并进行克隆测序。通过测序共获得1505bp的序列,所测三个转化子各不相同。将三条序列到Genbank上比对发现,其与两种细菌相似性最高:Edwardsiella ictaluri和Edwardsiella tarda。通过进化树分析可以发现,我们所得到的序列与Edwardsiella tarda亲缘关系最近,而与Edwardsiella ictaluri相差较远。并且其中一条序列16S rDNA-2与Edwardsiella ictaluri和Edwardsiella tarda序列比对时,其与Edwardsiella tarda有100%的相似度。考虑到细菌16S rDNA多拷贝间的差异以及测序误差在内,因此,可以将大菱鲆病原菌鉴定为迟钝爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)。2.大菱鲆MHC II B多态性及其与大菱鲆抗病力的关系通过对大菱鲆MHC II B内含子1和外显子2的序列分析,共发现了4种不同的内含子1(A、B、C和D型),其不同是由于一19bp重复单元的重复次数不同所致。内含子1的3`端含有一个富含CT/GT的区,该区域为重组酶RecA的潜在识别位点,表明在其演化史中可能发生过重组事件。通过对43个抗病个体中的224条序列和42个易感个体中的214条序列进行MHC II B外显子2分析,共发现了59个不同的等位基因,其中包括35个A型、6个B型、13个C型和5个D型。对其中的25个等位基因进行了抗病群体与易感群体的分布统计分析,部分等位基因在两个群体中都有分布,部分以较低的频率仅出现抗病或易感群体中。等位基因Scma-DBB1*04在抗病群体中出现频率为7%,而在易感群体中出现频率为42.9%,与易感性状相关(p=0.000);等位基因Scma-DBB2*01在抗病群体中出现频率为44.2%,而在易感群体中出现频率为19%,与抗病相关(p=0.013)相关。
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