长期以来,受历史及政策制度等原因的制约,我国形成了城乡二元经济社会结构,造成了城乡之间经济发展失衡,这种以牺牲农业和农民收入为代价进行的工业化,产生了我国在经济发展过程中特有的“三农”问题。虽然“十五”期间“三农”问题有所改观,“十二五”规划中促进和加快农业发展仍是我国经济社会生活的核心问题。必须立足于促进农民收入持续增长的涉农税制建立,全面认识农民负担的多重性与隐蔽性,在规范收入分配关系的基础上,改革现行的涉农税制。我国涉农税制对象化的主要税种有：增值税、消费税、营业税、资源税、耕地占用税、个人所得税和企业所得税等。在涉农税制中：增值税的差异化征管模式的目标难以达到,消费税对农用燃油直补政策尚未推出,营业税对农业的支持范围有待进一步扩展,资源税对资源富集区经济建设与环境保护作用有待加强,耕地占用税立法意图忽视农民的利益,个人所得税对农民收入的调节分配有待加强,企业所得税对农业产业化支持力度有待提高,向“三农”征收的的“暗税”使得农民综合负担仍然较重。究其形成的原因,我国农业大国的历史是形成现行涉农税制的基础;重工业优先发展战略和财政体制不完善是涉农税制中“暗税”的成因。借鉴发达国家对农民及农业的税收政策经验,运用系统思路改革我国涉农税制,应将农业完全纳入增值税体系中并规范其税收抵扣,在消费税中尽快推出农用燃油消费税补贴制度,对于营业税应从教育和金融入手加大对农支持力度,应让资源税充分发挥税法对生态环境的保护作用,耕地占用税应加大对耕地的保障力度,个人所得税应加大城乡之间与农村内部之间的收入调节,而企业所得税应加强对农业产业化发展的税收政策扶持；通过改革当前农村地区公共服务的供给状况、当前土地征用补偿制度和户籍制度,以及就业制度农产品购销制度,推动农产品市场建设,规范和完善中央与地方财税关系,加快完善农村社会保障体制等配套措施,以克服我国涉农税制中“暗税”负担。