2016研究与试验发展(R&D)经费的总投入达到15676.7亿元,增长10.6%,其中政府属的研究机构经费支出达到2260.20亿元,增长5.8%。这表明了我国对于科研事业的重视是不断提高的。但对于政府属的研究机构的经费投入的增长率低于全国科研经费投入的增长率,这表明了随着我国科研政策的改革,政府属的科研机构跟企业、高校对于科研经费的竞争愈发激烈。不再是过去每个政府属的研究机构都能轻松获得科研经费,而是根据各种指标来核定下一年度科研经费在不同主体间的分配。并且科研经费已不仅仅是根据科研项目的研究内容和可行性等相关指标来进行分配,还包括了科研经费的计划安排和预期达到的绩效目标等指标。但是,政府属的研究院所在科研项目经费预算的编制、执行和评价等方面存在着许多问题,必须有针对性的加以解决,才能在竞争激烈的环境下得到发展。目前,我国无论是事业单位还是企业,都需要完善预算绩效管理的实施理论。虽然我国企业更早实施了预算绩效管理,但是相关的体质机制还是存在着许多问题。然而政府属的科研机构是属于事业单位,预算绩效管理才刚刚开始摸索进行,还没有科研项目预算绩效管理成功的实践案例来供我们参考。随着我国财政不断引进和应用国外预算绩效管理方法,越来越多的科研管理人员认识到预算绩效管理在科研工作中的重要性。然而,国内许多学者的研究主要集中在对企业预算绩效管理的探索和研究上,很少有专门针对科研机构科研项目预算绩效管理的探索和研究。本文是在借鉴国内外预算绩效管理相关理论的基础上,对于科研项目预算绩效管理进行深入研究。以S科研院在探索科研项目预算绩效管理的实践过程中所暴露出来的问题来进行分析研究。对于具体科研项目预算绩效管理的现状进行分析,找出科研项目预算绩效管理存在问题的主要原因,提出相对应的可行的优化思路和改善对策。希望可以给予我国科研项目预算绩效管理一定的借鉴和思考。