基于MS-HRM方法检测非小细胞肺癌相关基因的启动子甲基化的初步应用

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近年来,肺癌在中国的发病率和致死率不断升高,造成的社会影响也越来越大。目前仍然缺乏有效的治疗肺癌的临床方案。准确诊断、及时防治成为提高存活率的重要途径。而在众多的诊断方法中,敏感基因的甲基化水平已被证明与肺癌的发生发展有密切的关系,为临床诊断提供了一个良好的研究方向。因此本研究基于甲基化敏感的高分辨率熔解曲线(Methylation-sensitive high-resolution melting,MS-HRM)方法,检测了非小细胞肺癌(Non-small cell lung cancer,NSCLC)的相关基因 PCDHGB6,HOXA9,MGMT,SOCS3,NORE1A及miR-126的甲基化情况,探究相关基因在非小细胞肺癌检测方面的临床价值。研究内容及结果如下:(1)MS-HRM方法的建立:通过调节反应体系及扩增条件,优化出了荧光效率高、梯度清晰的MS-HRM曲线。针对每个目的基因的熔解曲线推算了温度和相关信号差异的回归关系,得出的曲线均呈良好的线性关系。(2)基于上述优化好的MS-HRM曲线,选取非小细胞肺癌病人的组织样本,检测了文献已报道的与肿瘤相关的六个基因甲基化水平表达情况。结果显示,PCDHGB6和miR-126基因的甲基化检出率比较显著,分别为64.8%和68.5%。其次检出率较高的基因为HOXA9,检出率为42.6%。MGMT在NSCLC中甲基化检出率为25.9%。而在SOCS3和NORE1A基因的甲基化检测中,所有组织样本均未发现阳性结果。(3)基因的甲基化与病人病理及生理特征的相关性。将各基因的检测结果与相应的病人临床资料作对比,结果发现,PCDHGB6和HOXA9基因的甲基化水平随肿瘤的恶化程度而升高,有潜力成为非小细胞肺癌发展的监测因子。而miR-126基因在早期(Ⅰ期和Ⅱ期)患者组织中的甲基化检出率(73.1%和72.7%)显著高于晚期(33.3%),因此可以作为非小细胞肺癌早期诊断的重要参考指标。几个基因在肺鳞癌中的检出率要高于肺腺癌。此外,研究所选取的基因甲基化情况与年龄没有明显关系,且男性人群的发病率要高于女性人群。(4)通过受试者工作特征曲线(Receiver operating characteristic curve,ROC curve)和焦磷酸测序来评价甲基化检测结果。其中PCDHGB6基因的灵敏度最高,为66.7%,其ROC曲线下面积(Area under the curve,AUC)达到最大值0.796。在独立性检验中,PCDHGB6、HOXA9和miR-126三个基因均具有显著的统计学意义(P<0.01)。四个基因的联合检测(PCDHGB6、HOXA9、MGMT和miR-126)灵敏度达到85.2%,特异性为81.9%,AUC面积为0.891,优于任何单个基因的检测结果。PCDHGB6、HOXA9和miR-126的检测结果通过焦磷酸测序进行了验证,结果显示两种方法具有显著的一致性(P<0.05)。总之,本研究优化了各目的基因的MS-HRM实验结果,并提供了一个有效的基因组合用于非小细胞肺癌诊断。一些基因在临床上的应用能够为病情的发生和发展提供较为可靠的诊断依据。
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