近年来,我国对科研经费的投入力度越来越大,但是科研经费内部控制体系不完善、控制重点不清晰、责任主体不明确、监督机制流于形式、执行不严格、存在控制盲点是我国高校科研经费实践中存在的普遍问题。高校科研经费管理中上述漏洞的存在会严重影响科研经费的使用,进而直接影响科研工作的进行,所以为了能更加高效的使用高校科研经费、财务信息更加客观真实,对高校的科研经费内部控制进行梳理完善是摆在高校管理者面前的一项尤为重要的任务,这也是本论文研究的重点及主题。本文在借鉴内部控制相关理论及其他高校科研经费管理及内部控制经验,综述国内外研究现状的基础上,采用了实地调查法、文献资料法、案例研究法等多种科学研究方法,对LY学院的科研经费内部控制现状进行了重新审视。同时从单位层和业务层对LY学院科研经费内部控制存在的问题进行了分析研究。从科研经费在申请环节、使用环节、决算环节分析问题并探究造成这些问题的深层次原因,并对LY学院科研经费内部控制体系进行了优化设计,并从内部控制角度提出完善该体系的建议,力图为LY学院构建一套适合新环境下科研经费内部控制体系,使其充分认识到对科研经费进行内部控制的重要性。