目前，针对WTO法律体系中的《与贸易有关的知识产权协议》(TRIPS)中药品专利保护和公共健康权利的冲突和平衡的争端日益引起理论界和实务界的关注。在国际层面，发展中国家联合起来声称TRIPS药品专利的高标准保护导致其本国国民的公共健康权受到严重威胁，因为其为维护公共健康权所需要的药品来自于发达国家拥有的专利药品，而过高的价格以及其他保护措施使得药品可及性成为重要问题。根据多方面的呼声，WTO组织也通过了有关该议题的《多哈宣言》、《总理事会关于执行多哈宣言第6段的决议》、《总理事会关于修改TRIPS的决定》等文件，但是在如何协调二者的冲突的措施上，这些文件都有着一定程度的局限性，从理论到规则都存在着不同的意见，本文试图厘清有关于药品专利和公共健康的关系，并对一些误区进行澄清，进而揭示出问题的实质，在此基础上从理论层面和具体规则层面对二者之间的平衡问题进行阐述，从而为我国提出相应的解决措施来保护药品专利权和公共健康权。为论述清楚药品专利和公共健康冲突及平衡这一命题，文章将分为四个部分：第一部分是TRIPS药品专利保护和公共健康权平衡的必要性该部分笔者从学界观点，数据表格，法理分析等多个层面主要对四个误区进行了澄清，得出如下结论：第一，TRIP药品专利保护是导致公共健康权受到威胁的重要原因之一。第二，由于发达国家和发展中国家利益差别悬殊而导致TRIPS协定不能严格执行，协定本身没有侵犯公共健康权，而是实施层面出现了问题。第三，知识产权是私权和人权的统一体，并且和公共健康权一样同为基础人权，需要在实践中对二者进行权衡。第二部分对“TRIPS药品专利权和公共健康权平衡之途径”进行了理论上和规则上的分析和论述。在理论上，笔者认为WTO包括争端解决机构借鉴其他国际法的规则是必要的和可行的，WTO和其他国际法规则的具体冲突应遵循条约法的规定和国家成员之间的意志进行平衡。并在此提出了一个重要的标准“不可减损的价值”。在具体规则中，笔者首先从TRIPS协定的弹性条款失去“弹性”的现状谈起，并结合了争端解决机构的实践进行分析，指出《多哈宣言》的进步和不足之处。尤其对多哈宣言的法律地位进行了深入剖析；其次，针对突出且复杂的强制许可问题，笔者进行了单独论述，在指出TRIPS协定中的缺陷之后，结合《关于执行多哈宣言第6段的总理事会决议》的相关条款和《关于修改TRIPS协定的决定》对如何完善强制许可制度进行了评述。再次，从程序上解决二者冲突，即排除非违约之诉和交叉报复在TRIPS协定下的应用。最后，通过发展中国家的努力和取得的成果，以及国际经济法案例的分析，笔者提出发展中国家应团结一致，维护国际法上的权利的论述的重大意义。第三部分，针对发达国家和制药公司以及部分学者对于强调公共健康权的保护会损害知识产权持有人的权利，进而阻碍技术的进步的担忧，笔者从发展中国家角度，发达国家角度，WTO角度三个方面进行了论述，得出结论：“注重公共健康的保护不会损害知识产权意图维持的平衡”。第四部分，面对国际形势和结合我国的经济发展水平，笔者提出了我国在药品专利和公共健康冲突平衡的应对措施，即要结合WTO的最新进展以及其他国家的实践，对我国的专利法律制度进行相应的完善，包括强制许可制度，弹性条款制度，中药等传统资源的明确保护等等。同时还提出了专利法之外的解决措施，即对外努力寻求国际组织及其他发展中国家的支持和帮助，对内加强新药的科研及开发。