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为了研究中国南海北部海域斑节对虾群体遗传结构和遗传多样性状况,采用聚合酶链式反应（PCR）技术对海南三亚、深圳、湛江、北海4个斑节对虾群体共95个个体的延伸因子1-alpha内含子序列进行了扩增。对扩增产物进行克隆转化,并将阳性克隆产物进行序列测定,最终获得了大小约216bp的可供分析的核苷酸序列。将获得的序列与从Genbank上下载的东南亚、非洲东部海域群体的序列进行比较分析,在总共207个个体中共产生了188个核苷酸位点的变异,其中有插入缺失位点67个,多态性位点数121个,共有89个单倍型,单倍型基因多样性指数（Hd）为0.975。数据分析结果表明:中国南海北部海域群体的基因多样性最低,东南亚海域群体基因多样性水平最高;通过对遗传分化指数FST的分析,发现东南亚群体和非洲东部海域群体之间以及两者与中国南海北部海域群体间遗传分化极显著（P＜0.001）。UPGMA系统树显示,10个斑节对虾群体分为两支,一支由东南亚群体和中国南海北部海域群体组成,另一支由非洲东部海域群体单独组成;中国南海北部海域群体中北海群体单独聚成一支。从序列差异的分析中得出,中国南海北部海域群体与非洲东部海域群体之间的亲缘关系较远,与东南亚群体之间的亲缘关系较近;中国南海北部海域内部各群体之间,北海群体与海南、深圳、湛江群体之间的亲缘关系较远,形成一个独特的地理种群。在水产养殖中应用微卫星标记来确定亲缘关系已经得到认同和广泛使用。本研究通过控制交尾,利用微卫星标记确定斑节对虾后代的亲缘关系,对微卫星标记应用于斑节对虾的家系识别进行初步探讨。以7个谱系清晰的家系为基础,从一系列微卫星引物中筛选出可以用于斑节对虾家系鉴别的引物。结果表明,利用筛选得到的微卫星引物产生的DNA指纹图谱,能够有效地区分斑节对虾7个家系。通过计算各家系之间的遗传距离,构建UPGMA系统发育树,得到的结果与各家系来源情况一致,进一步证明了微卫星技术在进行家系间的遗传分析中的可行性,可以利用它们进行斑节对虾的亲缘关系鉴定。