十足目(Decapoda)中的短尾次目(Brachyura)在甲壳动物亚门(Crustacea)软甲纲(Malacostraca)中是一个庞大的类群。主要分布在海洋里，而其中有一个特殊的分枝，随着地质历史的变迁，适应了淡水的生活，终身生活在淡水环境中，在淡水中生长繁殖，成为独特的淡水蟹类(Freshwatercrabs)。淡水蟹是指那些在淡水中生长繁殖，完成整个生活史的类群，它们是在两性硬壳时进行交配，产卵量少，卵粒大，卵壳较厚，孵化后以直接发育的方式完成幼体发育，没有幼体变态过程。很长时间以来有关淡水蟹的研究主要围绕着医学寄生虫学和经典分类学，但淡水蟹的起源及其分类地位却一直存在着一定的争议。基于淡水蟹的某些特殊的生物学特性，近年在淡水蟹的繁殖生物学、系统发育和环境毒理学等领域都有研究报道。 本文分子进化部分研究以mtDNA的12SrRNA、16SrRNA和COI基因的部分序列为依据，研究了3种淡水蟹，包括束腹蟹科(Parathelphusidae)1种，溪蟹科(Potamidae)2种，及其他蟹类12种，包括来自梭子蟹科(Portunidae)、方蟹科(Grapsidae)、扇蟹科(Xanthidae)、盔甲蟹科(Corystidae)、绵蟹科(Dromiidae)、酋妇蟹科(Eriphiidae)和寄居蟹科(Paguridae)的物种。通过系统分析软件使用邻接法(NJ)、最大筒约法(MP)和最小进化法(ME)重建亲缘关系树，探讨淡水蟹的起源及其在短尾类中的分类地位。结果表明12SrRNA、16SrRNA和COI基因的部分序列具有不同的变异情况，包含不同的信息。12SrRNA、16SrRNA和COI基因的序列片段中A+T碱基含量分别为74.7％、70.8％和63．5％，均为富含A/T的区域与己知的其他节肢动物相似；多重对齐结果的平均信息量的平均值分别为0.80、0.61和0.43，其平均信息量的平均值所呈现的规律正对应于遗传距离(在相同的碱基替代模型下)的平均数值(d)0.24、0.21和0.18。亲缘关系重建中同样也发现三基因片段存在的差异，在科的水平上进行分析时实验中所使用的12SrRNA基因部分序列更为有效。利用12SrRNA、16SrRNA和COI基因的部分序列片段进行亲缘关系分析时发现12SrRNA的部分序列数据的NJ、MP和ME的自展一致树的拓扑结构完全一致，其拓扑结构表明扇蟹、梭子蟹和方蟹之间的亲缘关系较近，束腹蟹科和溪蟹科组成的淡水蟹分支是位于其三者之外的分支；但在分析时也存在淡水蟹分支和方蟹聚为一支而扇蟹、梭子蟹聚为一支的情况。16SrRNA部分序列数据稳定性次于12SrRNA的部分序列数据但也取得了拓扑结构较为接近的结果。而利用COI基因的部分序列数据进行分析时发现其拓扑结构较为混乱且分支自展值较低，显示其不适宜作为甲壳动物不同科/总科间亲缘关系分析的分子标记。将12SrRNA和16SrRNA数据联合后分析结果也表明扇蟹、梭子蟹和方蟹之间的亲缘关系较近，束腹蟹科和溪蟹科组成的淡水蟹分支是位于其三者之外的分支；同样，在分析时也存在淡水蟹分支和方蟹聚为一支，而扇蟹、梭子蟹聚为一支的情况。来源于12SrRNA和16SrRNA数据，运用不同算法的结果均不同程度的支持将束腹蟹科和溪蟹科生物组成的淡水蟹分支独立于扇蟹、梭子蟹和方蟹三者聚成的一支之外，显示淡水蟹分支具有和扇蟹、梭子蟹、方蟹不同的起源，这与以往一些学者提出的观点有所差异，但在分析时也存在淡水蟹分支和方蟹聚为一支而扇蟹、梭子蟹聚为一支的情况，这表明还需要使用更多保守的序列作为分子标记进行分析才能得出较为可靠的结论。 胚胎发育部分研究主要通过对长江华溪蟹(Sinopotamonyangtsekiense)胚胎发育后期的卵内幼体形态变化观察，探讨直接发育蟹类卵内后期幼体的幼体期及孵出前后幼体形态的演变。对胚胎发育连续观察的结果显示胚胎发育最后阶段的卵内幼体在破壳孵化过程中没有发生蜕皮现象，比较形态学的结果也表明最后阶段的卵内幼体与第一期自由生活的幼蟹较为接近而与一般意义上的大眼幼体有明显不同，故卵内的最后阶段为卵内幼蟹。因而我们认为直接发育的淡水蟹类，其胚胎发育不仅经历大眼幼体阶段，还经历了卵内幼蟹阶段，与以往认为直接发育蟹类胚胎最后阶段的卵内幼体为大眼幼体的结论明显不同。