基于90K SNP芯片的小麦抗白粉病基因鉴定及定位

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小麦(Triticum aestivum L.)是我国重要的粮食作物,其生产安全和供给稳定密切关系着我国粮食安全。小麦生产过程中会受到各种类型的病害影响,其中由布氏白粉菌(Blumeria graminis f.sp.tritici Em.Marchal,Bgt)侵染造成的小麦白粉病是一种真菌病害,已成为当前小麦生产的严重制约因素之一。持续挖掘和利用新的抗病基因是防治小麦白粉病危害最直接有效的方法。彭梯卡偃麦草(Thinopyrum ponticum)是一种多年生小麦野生近缘植物,属于小麦三级基因库,具有很多小麦不具备的有益性状,如大穗多花、抗旱、抗寒、抗病等,是小麦改良育种中最有价值的优异基因源之一。CH1532是通过远缘杂交和染色体工程技术结合创制的来源于彭梯卡偃麦草的一个小麦新品系,系谱为:中8701//TAP8430/冀麦26,其中TAP8430为来源于彭梯卡偃麦草的八倍体小偃麦,中8701和冀麦26为普通小麦。本研究对CH1532的白粉病抗性进行了遗传分析,并利用90K芯片和SSR标记分析对其抗病基因进行了染色体定位。获得的主要结果如下:1、本研究以CH1532为抗病亲本、台长29为感病亲本,构建F2分离群体、F2:3家系、BC1群体。F1、BC1、F2及F2:3家系及其抗、感双亲在人工气候室中利用白粉病菌株E09进行了白粉病接种鉴定。抗性鉴定结果表明,抗亲CH1532对E09表现为免疫,感亲台长29表现为高感,其正反交F1全部表现为免疫,BC1和F2群体的抗、感比例分别符合1:1和3:1,F2:3家系的分离比例为R:H:S=1:2:1。因此推断,CH1532的白粉病抗性由1对显性核基因控制,暂命名为PmCH1532。2、采用分离群体分组分析法构建抗病池和感病池,进行iSelect 90K SNP芯片扫描。90K芯片扫描共获得89个多态性SNP标记,对89个多态性SNP标记的侧翼序列进行Blast N比对,得知其中69个多态性SNP位于小麦第二同源群的3条染色体上,占总数的77.5%。而位于2D染色体上的标记为44个,占比为49.4%。根据MapInspect软件进行染色体作图,可以看出SNP标记在2D染色体上分布集中于635.6-650.3Mb之间。因此推测,抗白粉病基因PmCH1532位于2D染色体长臂的近末端。3、利用已公布的中国春基因组序列,在2D染色体635.6-650.3Mb之间开发SSR标记进行筛选多态性,用筛选到的71个多态性标记对台长29/CH1532的F2群体中的小群体进行检测,最终筛选到6个标记与PmCH1532存在连锁关系,6个标记分别为:2DL101、2DL115、2DL147、2DL167、2DL181和2DL198。4、为了进一步确定PmCH1532的染色体位置,利用6个标记对F2群体的374个单株进行PCR扩增,并对扩增结果进行数据分析,随后利用Mapmaker Exp 3.0和作图函数Kosambi计算选定的分子标记与抗病基因之间的连锁距离,最终确定这6个标记的位置顺序为2DL101-2DL115-2DL147-PmCH1532-2DL167-2DL181-2DL198,与PmCH1532的连锁距离分别为4.3cM、2.9cM、1.3cM、2.7cM、4cM、7.2cM。其中PmCH1532位于标记2DL147与2DL167之间,连锁距离分别为1.3cM和2.7cM。5、根据SNP芯片扫描和SSR标记与抗病基因的连锁关系,PmCH1532被定位于小麦的2DL染色体上,但是在小麦的2DL染色体上还存在抗白粉病基因Pm43,进一步利用13个白粉菌株对PmCH1532和Pm43的载体品种分别进行了抗病鉴定,结果表明,PmCH1532和Pm43的抗谱不同,推测PmCH1532可能是一个与Pm43不同的新基因。
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