乌拉圭回合谈判以后，各国关税逐步降低，传统的非关税壁垒,如数量限制、随意性许可证以及可变税率等逐步拆除。加之，整个社会正在步入环保时代，消费者追求对环境无污染，对人类健康无害的绿色产品。绿色贸易壁垒作为一种新的贸易保护手段，由于其具有形式的合法性，外在的合理性，实施的隐蔽性，而被各国纷纷采用。我国幅员辽阔，气候多样，劳动力资源丰富，加之农产品在我国是劳动密集型产品，所以我国是农产品生产大国，且在农产品生产上具有很大的成本优势。而日本由于农业经营规模较小，农业人口老龄化，兼业化比重大，农产品自给率低，每年需要进口大量的农产品。我国与日本地理位置接近，一直以来，日本是我国农产品出口的第一大市场。但近几年来，我国农产品在出口日本过程中却频遭日本国内绿色贸易壁垒的冲击，导致对日出口的比重不断下降，被通报，退货，限制的情况时有发生，给我国的农产品出口企业带来了极大的不良影响。本文对贸易保护主义和绿色贸易壁垒的基本理论进行阐释，结合日本农业国情，日本在进口农产品上的特点，深入分析了日本国内绿色贸易壁垒的设置及特点：技术标准与法规繁多，通关手续复杂，检验检疫程序苛刻，标签和包装容器要求严格，尤其是2006年开始实施的《肯定列表制度》，是有史以来最苛刻的农残标准。同时分析了日本绿色贸易壁垒对我国农产品出口的影响：我国农产品对日出口成本增加，企业利润下降；受到“命令检查，监控检查”的案例增加，影响我国出口企业的形象；对日农产品出口比重下降等。结合中日农产品贸易现状，分析了我国在对日农产品出口中存在的问题：一是，由于产销分离，水、土、大气污染严重，违禁药物过量使用，我国产品质量问题频发。二是，由于体系不健全，监管措施不力，配套法规不全，人力储备不足，农产品技术标准和检测标准水平低。三是，农产品加工技术水平低，缺乏品牌产品。最后，从提高农产品质量，如企业可以建立标准化养殖基地，加强与政府的沟通交流，建立企业产品追溯系统等；完善我国技术标准和法规，如企业建立高标准检测中心；政府注重研究，强化服务；注重人才培养；创建品牌产品等方面提出了应对策略。