广西家蚕血液型脓病毒株囊膜糖蛋白GP64基因克隆和序列分析

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广西是我国第一大蚕桑业生产基地,地处亚热带地区,气候条件优越,一年可养多批次蚕,但炎热多湿的环境也容易造成蚕病的流行和传播,特别是家蚕血液型脓病,一旦暴发,几乎无法控制,给蚕业生产带来严重的危害和损失。家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,简称BmNPV)是家蚕血液型脓病的病原,BmNPV的gp64基因编码的囊膜糖蛋白GP64对BmNPV在宿主昆虫体内的传播具有关键作用。掌握gp64基因的序列信息发生变异的准确位点,为进一步的蛋白功能研究奠定基础,另外,从分子水平上探索BmNPV的系统发育情况,有助于对BmNPV侵染机理的进一步研究,从而为广西家蚕血液型脓病的防控提供科学依据。本研究对广西不同蚕区采集的BmNPV分离株的gp64基因进行克隆测序以及序列分析,所得结果如下:1、本研究对19株广西BmNPV分离株的gp64基因进行克隆和测序,获得完整的gp64基因ORF片断,有7株分离株的gp64基因ORF为1590bp,5株分离株的为1593bp,7株为1599bp。2、进行gp64基因ORF核苷酸同源性分析,仅有1株分离株与T3株的核苷酸序列同源性达到100%,其余18株与T3株核苷酸同源性在98.5%~99.2%之间,编码氨基酸同源性在98.5~99.6%之间。19株广西分离株之间gp64基因ORF核苷酸同源性在98.4~100%之间,编码氨基酸的同源性在98.3~100%之间。3、构建gp64基因的遗传进化树,19株广西BmNPV分离株可以分为两个亚群clade I和clade II,其中有11株属于clade I,8株属于clade II。 clade I中的分离株在地理分布上相对较集中,clade II中的分离株在地理分布上较分散。4、对BmNPV的gp64基因ORF进行单核苷酸多态性分析,结果表明,多数广西分离株的gp64基因ORF具有较多的突变位点,且gp64基因在密码子的使用上较为多变,不表现对某种密码子的偏好。
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