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花椒(Zanthoxylum bungeanum Maxim)为芸香科花椒属植物,有较高的药用、食用和生态价值;花椒在我国栽培历史悠久,品种资源繁多,且栽培范围广泛,但由于在引种栽培过程中,同名异种、同种异名的现象比较严重,不利于花椒种质资源的鉴定、引种工作。本文以12个有地域代表的花椒种质为试验材料,开展了花椒EST-SSR功能性标记的开发,并对12份花椒种质资源进行了鉴定,丰富花椒在分子标记方面类型,为花椒种质资源鉴定提供依据。主要研究结果如下:1.采用生物信息学分析软件MISA对前期测序获得的45057条Unigene序列进行了SSR位点数据挖掘,发现在全部的非冗余序列中有3315条序列包含SSR位点,共3814个,SSR位点在全部序列中的出现频率为8.46%,平均分布距离约7.2kb;在检索出的SSR位点中,三核苷酸是主导重复类型,且三核苷酸重复基元中以GAA/CTT、AGA/TCT重复基元出现频率最高;在检索出的不同SSR位点类型中,所有重复基元的重复次数范围在4-12次。其中二核苷酸重复次数范围6-12次、为最大,六核苷酸重复次数范围只有4次、为最小。随着重复基元重复次数的增加,二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸重复基元的数量和重复基元总数呈明显下降趋势。2.通过引物开发,从64对设计的引物中筛选出了18对EST-SSR多态性引物。引物多态性对应的重复基元中,二核苷酸重复类型有1个,三核苷酸重复类型有8个,四核苷酸重复类型有6个,五核苷酸重复类型有1个,六核苷酸重复类型有2个。3.用所筛选的18对多态性EST-SSR引物对12份花椒种质进行PCR扩增,共扩增出81条条带,其中多态性条带73条,多态率为90.12%;经计算各花椒种质间遗传形似系数范围为0.5526-0.8947;用UPGMA法进行聚类分析,在相似系数为0.70处,所有花椒品种分为三类,即顶坛花椒为第Ⅰ类,竹叶椒为第Ⅱ类,其他花椒为第Ⅲ类。4.用所筛选的18对引物对12个花椒种质进行种质资源鉴定,发现有7对引物在5份花椒种质上具有特征谱带,其中无刺花椒、凤县大红袍、汉源花椒有一个特征引物,顶坛花椒有两个特征引物,竹叶椒有四个特征引物;采用3对引物组合进行鉴别,可将12份花椒完全区分开。