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甘蓝型油菜是我国的重要油料作物,也在世界范围内广泛种植,它是由白菜和甘蓝杂交后形成的异源四倍体,其遗传基础较为狭窄。为了拓宽甘蓝型油菜的遗传基础,本实验室将白菜型油菜的Ar基因组和埃塞俄比亚芥的Cc基因组大规模地导入甘蓝型油菜中,形成了基因组组成接近为ArArCcCc的新型甘蓝型油菜,已有的分子标记分析表明,新型甘蓝型油菜与常规甘蓝型油菜有着显著的遗传差异,其基因组内存在大量新的遗传变异。但这些变异的详细特征,其在基因组内的位置和分布及其对性状改良有何影响,尚未可知。为了进一步详探外源导入和种间杂交给新型甘蓝型油菜基因组带来的新变异及其遗传效应,我们拟筛选优良的新型甘蓝型油菜纯合株系,与测序的甘蓝型油菜品种杂交,构建作图群体,获得高密度的遗传图谱,定位新型甘蓝型油菜内不同外源基因组导入的遗传变异,为后续深入分析甘蓝型油菜的基因组结构特征奠定基础。本研究从课题组创建的第三代新型甘蓝型油菜（G3）基因库中选择110份纯合株系,分别与测序品种中国半冬性油菜宁油7号（Ningyou7）以及欧洲冬油菜Tapidor杂交。将这些亲本及其所配置的F1先后种植于西宁和武汉,根据苗期性状初步观察生长势以及收获后进行产量评估,确定了最优的3对由新型甘蓝型油菜亲本与Ningyou7、Tapidor杂交的F1。选取这6个杂种F1的花蕾进行小孢子培育,并经秋水仙碱加倍,获得了6个群体共约3680个幼苗,收获了约1165份花粉育性正常的植株种子。利用流式细胞仪对其中一个群体（NG3-1）小孢子幼苗的倍性进行鉴定,最后获得该群体275个双单倍体（DH）株系。对NG3-1 DH群体及其双亲的农艺性状和品质性状进行了初步考察。利用Illumina Hiseq PE150测序平台,对NG3-1 DH群体的两个亲本进行了50倍覆盖深度的全基因组重测序,对275个DH系进行了5倍覆盖的全基因组重测序;两个亲本分别获得了71 Gb和102 Gb的高质量数据,群体获得了共2365 Gb的高质量数据。以甘蓝型油菜基因组Darmor-bzh v4.1为参考基因组进行SNP Calling,对所获得的34万个原始标记进行了严格的筛选质控,共得到8422个bin标记（每个bin包括若干个基因型一致的多态性标记,共包括33032个高质量代表性标记）。使用MSTMap和Joinmap4.0软件对这8422个bin标记进行分析并构建遗传图谱,最终得到含有2727个标记、覆盖长度为2664.01 cM并且含有17条连锁群的高密度遗传连锁图谱。其中A02、C02这两条连锁群并未构建出,由于该群体亲本之一为含有外源基因导入成分的新型甘蓝型油菜,其A02、C02的染色体结构也较为复杂,在本研究中未进行分析,将在后续的研究中进行深入探索。本研究所获得的3对DH作图群体,以及NG3-1 DH群体的高密度遗传图谱,将为后续开展新型甘蓝型油菜的基因组分析提供基础,并有助于发现作图亲本间的一些结构变异。