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AFLP(amplified fragment length polymorphisms)即扩增片段长度多态性，其基本原理是选择性扩增基因组DNA的酶切片段。由于不同材料的DNA酶切片段存在差异，因而便产生了扩增产物的多态性。实际上AFLP是RFLP和RAPD的结合，它既有RFLP的可靠性，又有RAPD的方便性，AFLP被认为是迄今为止最有效的分子标记技术。AFLP技术在构建遗传图谱、性状标记、遗传多样性研究、基因定位、基因克隆等方面具有广阔的应用前景。近年来，AFLP技术已在中国对虾、三刺鱼、香鱼、江豚、锯缘青蟹等水产动物中得到了应用，但在鲤鱼(Cyprinus carpio)、金鱼(Carassiusauratus)等物种中的应用迄今还未见报道。本文以建鲤(Cyprinus carpio var．jian)和金鱼为材料，通过对AFLP体系各步骤的优化和引物的筛选，建立了适合于建鲤和金鱼的AFLP反应体系。在此基础上，对鲤鱼性别相关分子标记和四个不同品种金鱼的遗传多样性及亲缘关系等进行了研究。通过对建鲤雌雄个体的比较分析，在引物E-ACG/M-CAA的扩增图谱中找到两条雄性特有的DNA条带，分子量分别为171bp和175bp，雌性个体均无此条带，首次发现了建鲤性别相关分子标记，可为建鲤遗传性别的鉴定提供参考。另一方面，实验中积累了AFLP分析的大量数据，作为建鲤的遗传背景资料，有关数据可用于建鲤种质标准的建立，为建鲤保种和进一步选育改良提供参考。在四个金鱼品种的AFLP分析中，一共检出了207个不同的扩增片段，其中63个片段(30．4％)为所有品种个体共有条带，其余144个(69．6％)为多态性片段。数据分析表明，4个金鱼品种之间，黑色蝶尾和黑龙睛之间遗传距离最远，相似性系数最小；狮头和红白皇冠珍珠之间最近，相似性系数最高。与此同时，发现了一些可用于区分不同品种的分子标记，其中分子量为99bp、148bp的两个位点为黑色蝶尾的特有位点；分子量为286bp的位点为黑龙睛的特有位点；分子量为289bp的位点为黑色蝶尾与黑龙睛的共有位点，而狮头与红白皇冠珍珠没有；分子量为58bp的位点为狮头与红白皇冠珍珠的共有位点，而黑色蝶尾与黑龙睛没有；分子量为106bp的位点为黑龙睛与红白皇冠珍珠的共有位点，而黑色蝶尾与狮头没有；分子量为188bp的位点为狮头与黑龙睛的共有位点，而黑色蝶尾与红白皇冠珍珠没有。本文结果可为金鱼品种鉴别、种质资源保护以及遗传育种提供参考，具有一定的学术和应用价值。