随着经济全球化进程的加快，国际竞争日趋激烈，而国际竞争归根结底是科学技术的竞争，尤其是自主创新能力的竞争。我国已明确提出科技发展战略要实现从以跟踪模仿为主向以自主创新和实现科技跨越式发展为主的转变。作为国家创新体系中的重要组成部分，民营高科技企业是最具有活力的微观创新主体，必将在创新体系建设的大舞台上扮演着越来越重要的角色。因此，研究民营高科技企业并分析其自主创新动力系统具有较强的理论和现实意义。本文通过对国内外相关文献的梳理，对民营高科技企业自主创新的内涵进行了界定，从自主创新投入现状、产出现状以及企业分布状况三个方面分析了民营高科技企业自主创新的发展现状，指出了民营高科技企业自主创新存在的主要问题并分析其成因。通过对民营高科技企业自主创新动力系统含义的界定和特征分析，从外部和内部两个方面对动力系统形成的影响要素进行了深入分析，构建了民营高科技企业自主创新动力系统的结构模型。该模型由内部动力子系统和外部动力子系统构成，每一个子系统都有四个不同的动力要素组成。对民营高科技企业自主创新动力系统的自组织特征、自组织演化和系统运行的自组织条件进行分析，在此基础上进一步分析了系统的开放性、非平衡性、非线性和涨落，揭示了民营高科技企业自主创新动力系统运行的复杂性。在对内外部子系统结构与功能分析的基础上，对系统运行中内外部子系统互相之间的作用关系进行了深入分析，具体分析外部动力子系统和内部动力子系统各自组成要素的作用及之间的相互关系、内部和外部动力子系统间的相互作用关系。设计了民营高科技企业自主创新动力系统运行效果评价初选指标体系，运用群组决策特征根法对该评价初选指标体系进行关键要素识别，构建了民营高科技企业自主创新动力系统运行效果评价的关键指标体系和民营高科技企业的自主创新动力系统运行效果模糊积分评价模型并应用实证分析中，使理论和实践紧密结合。在此基础上，从政府和民营高科技企业两个方面提出了保障民营高科技企业自主创新动力系统有效运行的对策建议。政府应该营造公平市场环境改善市场竞争压迫力，加快社会制度改革激发市场需求拉动力，完善宏观经济政策增强政府政策支持力，加强创新成果保护增进科学技术推动力。民营高科技企业自身则提高企业家素质扩大企业家精神感召力，采取多种激励形式增加企业利益驱动力，推进创新制度建设提升企业创新保障力，确立创新价值观念发挥企业文化影响力。