计算机系统的安全性如今已成为计算机相关发展的一个重要方向，而其中操作系统的安全性也受到了普遍的关注。 在桌面操作系统中，Windows和Linux两大系统共同占据了绝大部分的市场份额。在Linux操作系统上开发兼容Windows操作系统应用的研究，也成为操作系统发展的一个重要部分。然而这两大操作系统在实际应用中，原本各自就存在一定的安全性问题，因此二者的兼容也有可能存在同样的安全性威胁。 桌面操作系统的安全性问题一般表现为：入侵者通过一定手段，获取其所需的系统权限后，向系统中的某些文件植入恶意程序，从而达到其非法的目的。目前旨在兼容Windows应用的Linux兼容内核项目正在开发过程中，本文将从应用程序入手，在Linux兼容内核中引入数字签名机制，对即将运行的Linux或Windows系统的应用程序进行检查，以确定其合法性。同时通过一些辅助手段加强对应用程序的审核，从而组建起一套安全机制，以保证运行在操作系统上的应用程序合法、有效。在这样的安全机制保障下，Linux兼容内核的开发将为今后操作系统及其应用的发展提供更加安全、可靠的平台。 本文所实现的这套安全机制将结合Windows与Linux两大操作系统应用程序的特点，着重对可执行文件及相关的动态库文件进行验证检查。并且，这套安全机制还将根据应用程序的重要程度，分级别处理，提高了验证的合理性；而安全机制的实现将兼顾操作系统工作效率，充分利用Linux内核的现有资源，并在合理的范围内保障系统的安全。