2014年2月20日最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（三）》（以下简称《公司法司法解释（三）》）虽然对股东瑕疵出资应当承担的责任、权利限制与剥夺等实体性规范作了释明,但对于公司限制与剥夺瑕疵出资股权过程中的程序性规范则明显缺失,仅笼统规定了催告这一要求,导致公司在实务中缺乏统一操作标准,甚至因为程序上的瑕疵严重影响到公司对瑕疵出资股东的处理。因此,有必要构建瑕疵出资股权自治性限制与剥夺的程序,以期裨益于公司实践。首先,对于立法并未明确规定的公司章程、股东会决议、董事会决议、股东间协议是否都可作为程序启动依据给予正面回应。其次,针对立法提出的催告要求,构建以股东、董事、监事、高级管理人员为启动主体,以董事会、监事会为受理主体,以“董事会为主、监事会为辅”的双轨制受理模式的完整前置催告程序。然后,基于处置程序及处置边界的立法规定和理论研究均较为模糊的现状,结合域外经验建立以章程有预先规定且需限制瑕疵出资股权时采取通知形式、其他情形下均采取股东会决议形式的处置模式,并论证应当排除被处置瑕疵出资股东的表决权和股东会应当采取的人数多数决议事规则,通过给予被处置股东申辩权、异议期限等保障其正当权利,并区分可限制与剥夺瑕疵出资的情形、权能和措施为处置瑕疵出资股东提供明确边界指引。最后,为被处置瑕疵出资股东的权利救济提出了非司法救济程序和司法救济程序,进一步完善处置瑕疵出资股东的程序构建。