辣椒（Capsicum annuum L.）是一种深受大众欢迎的蔬菜,具有很高的营养价值与药用价值。辣椒杂种优势利用对于辣椒生产有重大贡献。但是,长期以来大量辣椒杂交种子是通过人工去雄繁制而成的,成本高且耗时长,而运用辣椒细胞质雄性不育（cytoplasmic male sterility,CMS）三系配套生产杂交种子是一种高效经济的方法,可以极大地减少制种成本。近年来,辣椒全基因组草图的公布,为辣椒基因的分离和克隆奠定了良好基础。本研究在已经完成辣椒细胞质雄性不育恢复基因初步定位的基础上,通过标记加密、共线性分析实现对其精细定位,进而对辣椒细胞质雄性不育恢复候选基因进行克隆、序列比较、表达差异分析及重要候选基因的载体构建。获得主要结果如下:1.辣椒恢复基因精细定位:利用重测序数据开发亲本材料BA3和B072之间的多态性分子标记,通过标记加密和候选区间在Zunla-1和CM334两个辣椒参考基因组间的共线性分析,最终将辣椒细胞质雄性不育恢复基因精细定位于Zunla-1参考基因组中6号染色体末端一个270.10kb的区域内。该候选区间共注释了3个蛋白质编码基因（Capana06g003025,Capana06g003028和Capana06g003029）,其中Capana06g003029编码GRR1-like蛋白,Capana06g003025和Capana06g003028编码植物大多数恢复基因具有的PPR结构。2.候选基因克隆:对不育系‘BA3’、保持系‘BB3’及恢复系‘B072’的3个恢复候选基因进行了克隆测序和比对分析。结果发现,Capana06g003025基因的DN A序列在三系材料间无差异,Capana06g003028和Capana06g003029基因在恢复系中分别有5个和3个特异的SNP,且影响氨基酸的编码。初步排除了Capana06g003025基因作为辣椒细胞质雄性不育恢复候选基因的可能。3.候选基因表达分析:通过对辣椒三系材料及回交一代（BA3×（BA3×B072））的花药变色前、花药变色中及花药变色后三个时期花蕾中的3个恢复候选基因进行了表达分析。结果显示,Capana06g003028基因在恢复系的中后期花蕾以及回交一代可育株的前中期花蕾中高表达,在保持系和不育系的三个时期花蕾中低表达。Capana06g003025和Capana06g003029基因在恢复系和回交一代可育株的三个时期花蕾中均为低表达。再次确认Capana06g003025基因不是辣椒细胞质雄性不育恢复候选基因,也基本排除了Capana06g003029基因作为辣椒细胞质雄性不育恢复候选基因的可能,最后确定将Capana06g003028基因作为辣椒细胞质雄性不育恢复重要候选基因。4.候选基因载体构建:构建了辣椒细胞质雄性不育恢复重要候选基因Capana06g003028的VIGS沉默载体、基因编辑载体和过表达载体。为进一步对该重要候选基因开展功能分析奠定了坚实基础。