十七届五中全会提出，“十二五”期间我国将在实施区域发展战略的基础上推行主体功能区规划建设，以区域差异为前提进行主体功能区划分，优化国土开发空间结构。2011年6月8日我国公布了首个《全国主体功能区规划》，以资源环境承载能力、开发强度、发展潜力等要素的不同为依据，对不同的发展区域进行不同的功能定位并明确其发展方向，打破传统行政区划的刚性约束，在区域内实现资源的自由流通和有序共享。这一新形势也即对区域公共管理提出了新的改革要求，自此如何在主体功能区建设背景下实现高效合理的区域公共管理成为区域发展亟待解决的重要问题。也正是基于这样的一种现实需要，结合广西北部湾经济区的实际情况最终有了本文这样的选题。笔者在进行了前期大量的文献材料收集和实证调研工作的前提下，充分运用文献分析法对主体功能区、政府合作、整体性治理以及区域发展和治理等相关的文献资料进行有针对性的整理分析；以理解和分析广西北部湾经济区的公共管理问题为目标，运用比较分析法对国内外区域公共管理经验及存在的问题进行比较分析；运用实证分析法对广西北部湾主体功能区进行典型个案调查，就其区域公共管理中的政府合作问题进行实证分析。在具体论文行文中，本文在主体功能区、区域政府合作、整体性治理等相关理论进行阐述的基础上，深入分析了当前区域公共管理所面临的困境和主体功能区建设给区域公共管理带来的挑战，并就主体功能区建设、区域政府合作、整体性治理三者之间的关系进行了探究，认为区域政府合作与整体性治理的有效契合将是主体功能区背景下区域公共管理应对挑战并走出困境的新路径。又鉴于广西北部湾经济区是一个较为复杂的区域，经济区内资源环境承载能力、开发强度、发展潜力等要素的地域差异比较大，整体经济实力较为薄弱，是一个典型性的主体功能区建设重任务区域，笔者以此研究蓝本，通过对其主体功能区划和区域公共管理问题的分析，提出了基于主体功能区背景下的区域政府合作整体性治理模式，并结合广西北部经济区的实际情况对该模式的构建进行了详细的分析与探讨。事实上，基于主体功能区这样一个新的区域空间规划背景，有效在政府合作中融入整体性治理，这或许即是一定时期内区域公共管理的一个新亮点。