海洋微生物不仅在海洋生态环境和物质循环中具有极其重要的作用,也是各种新型生物活性物质的潜在来源.该论文采用核糖体小亚基(SSU)16S rRNA基因作为指标,对北半球太平洋西部靠近赤道海域海水及中国福建省东山县海水养殖场沉积物中的真细菌和古细菌多样性进行研究.通过提取海水和沉积物样品的总DNA,以PCR的方法构建16S rRNA基因文库,在对文库阳性克隆PCR-RFLP分析的基础上,对部分克隆进行测序并用BLAST程序对基因库进行同源序列搜索,以PAUP软件构建了相关类群的系统发育树.海水真细菌16S rDNA文库的分析表明,α簇变形细菌(Alphaproteobacteria)为文库中的优势类群,文库所测的41个克隆中有21个与来自α-变形细菌的序列较为相似,占了51.2％.此外还有18个克隆与来自未培养或未鉴定的细菌序列相似,两个与来自蓝细菌(Cyanobacteria)的序列相似,表明文库存在着相当的多样性.我们尝试用同样的方法构建海水样品古细菌16S rDNA文库,但没有成功,提示在该海域的海水中可能没有古细菌的存在.养殖场沉积物真细菌16S rDNA文库的分析表明,文库有着极高的多样性.在文库中,发现了变形细菌(Proteobacteria)、绿色非硫细菌(Green Nonsulfur Bacteria,Chloroflexi)等八个类群的相似序列.变形细菌为文库中的优势类群,文库所测的36个克隆中有14个与之相似,占了38.9%.此外文库还有一大特点,即绿色非硫细菌在文库中也有相当高的比例,所测序的36个克隆中有8个与之相似,占了22.2%.对养殖场沉积物古细菌16S rDNA文库的分析表明,17个序列与Euryarchaeota古细菌门的序列相似,占了总序列数的43.6%,有11个序列与来自Crenarchaeota古细菌门的序列相似,占了总序列的28.2%,此外还有11个序列与来自古细菌的一些环境克隆子的序列相似,表明我们古细菌文库的多样性是极高的.对所获得的16SrDNA序列进行系统发育分析表明,在大的类群上我们所测得的序列与国外的相关报道大体较一致.