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自然界中,宿主与寄生生物之间的竞争一直存在。宿主必须不断进化出新的抵抗寄生生物的机制以避免灭绝。反过来,寄生生物会进化出新机制来抵抗这些防御措施。这种生存之战在细菌-噬菌体共同进化动力学中得以体现,其中细菌会进化出先天性免疫系统和适应性免疫的规律成簇间隔短回文重复序列(CRISPR-Cas)系统。CRISPR-Cas防御的特点是利用CRISPR RNA(crRNA)对入侵遗传元件进行序列特异性靶向并降解。与此同时,噬菌体会编码抵抗CRISPR-Cas系统的抗CRISPR蛋白(Acr)来入侵细菌。由于Acr蛋白的独特作用机制,其可以被应用于构建转录抑制系统,以及作为基因编辑的特异性抑制剂来提高基因治疗的安全性。II类型的CRISPR-Cas9系统凭借其高效、快速、简便、高特异性等特点被广泛应用于基因治疗,疾病模型的构建,临床诊断和生物大反应器等。CRISPR-Cas9系统主要包括三个核心组分,其中反式激活crRNA(tracrRNA)具有保守的促进crRNA成熟和间隔序列整合的功能,这对于CRISPR-Cas9系统的功能发挥具有重要作用。目前针对抗CRISPR系统仅鉴定到Acr蛋白,基于核酸水平的抑制因子目前尚未发现,由于核酸水平的抑制是比蛋白水平抑制更有效的进化方式,无需翻译更加简便快速,鉴于RNAi在植物及真核生物细胞中的鉴定的成功经验,我们拟在噬菌体中搜索对抗CRISPR的转录序列。全部细菌基因组的tracrRNA的预测通过生物信息学的方法来完成,其结果和全部噬菌体基因组序列进行BLAST来发现与tracrRNA高度同源的噬菌体。PROKKA的CDS预测,BPROM的启动子预测和转录与表达分析确定了具有潜在anti-tracrRNA的一种已知和六种未知噬菌体。六种噬菌体的同源序列都不位于基因编码区域(CDS)内,其中有三种噬菌体的同源序列位于两个CDS之间并且都含有临近的启动子序列,这表示三种噬菌体的同源序列可能位于非编码RNA的一部分从而调控tracrRNA的功能。然而BLAST分析表明两种未知的噬菌体来源菌的tracrRNA和同源序列的比对情况不是很高。IntaRNA预测的结果表明已知噬菌体RAP44的预测anti-tracrRNA可以和tracrRNA形成稳定的相互作用,其可以用于未来的实验验证。