栽培大豆是世界上最重要的农作物之一，提供了人类最主要的植物蛋白质和植物脂肪营养来源，野大豆、半野生大豆是栽培大豆的近缘野生祖先种。本研究通过对栽培大豆(77份)和野大豆（152份）的物种范围内取样，以及半野生大豆(22份)的典型分布区采样共获得了251份材料，比较分析了4个单拷贝核基因片段的核苷酸多态性分布式样，结果显示:1）大豆连锁不平衡水平存在很强的群体依赖性，栽培大豆、野大豆及半野生大豆3个大豆群体之间连锁不平衡水平存在显著的差异;2）栽培大豆与野大豆、半野生大豆之间发生了显著的遗传分化(P＜0.01)，但是野大豆与半野生大豆之间没有发生显著的遗传分化(P＞0.05），因此，半野生大豆不适合分类为一个独立的种，而应视为野大豆的变异类型;3）栽培大豆的基因组核苷酸多态性只有野大豆的75％（π)、39.0％（θ)，显著低于野大豆(P＜0.05），说明经历了明显的“驯化瓶颈”，系统学分析表明:栽培大豆可能来源于多个驯化事件;4）野大豆在物种水平上是一个扩张群体，其群体遗传结果不符合“距离隔离模式”，而栽培大豆在物种水平是一个平衡群体，其不同来源个体之间遗传距离与其地理距离之间存在较弱的相关性(r=0.13227;P＜0.1);5)不同生态地理来源的野大豆群体之间都已经发生了显著的遗传分化(P＜0.001)，分化程度高于不同生态地理来源的栽培大豆(栽培大豆群体之间的分化，P＜0.01)。