简单重复序列区间(ISSR)是一种新型的分子标记手段,它是一种用锚定的微卫星DNA为引物的聚合酶链式反应。这是一个简单、快捷的方法,结合了微卫星(序列)的优势,扩增片段长度多态性(AFLP)的普遍性和RAPD的随机扩增多态性DNA。ISSR标记具有高度的多态性,有助于研究遗传多样性,系统发育,基因标记,基因定位和进化生物学。全世界核桃属植物现存有20余种,国际上将其分为核桃、核桃楸、灰核桃和黑核桃四个组。本研究采集核桃楸组的泰山野核桃实生居群30份材料,陕西地区近年来广泛种植的核桃实生居群30份材料,以及核桃组的新疆核桃5个品种各1份材料和云南泡核桃3个品种各2份材料,共计71个样品材料。利用ISSR标记技术对其遗传多样性进行分析。1.利用20个ISSR引物对泰山野核桃实生居群30份材料和陕西核桃实生居群的30份材料进行分析,通过琼脂糖凝胶检测数据,两个居群多态性位点百分率分别为79.29 %和82.80 %。Simpson指数的平均值分别为0.728和0.794;Shannon-weaver遗传多样性指数的平均值分别为1.549和1.765。两个居群都存在着丰富的遗传多样性。2.将聚丙烯凝胶电泳应用到ISSR分子标记结果的检测中。泰山野核桃实生居群30份材料和陕西核桃实生居群的30份材料用8个引物进行聚丙烯凝胶电泳的检测,两个居群多态性位点百分率分别为70.18 %和73.80 %。Simpson指数的平均值分别为0.947和0.948;Shannon-weaver遗传多样性指数的平均值分别为3.103和3.149。聚丙烯凝胶电泳能够分离出很微小的差别,因此比琼脂糖凝胶电泳的检测结果更精确。3.利用10个ISSR引物对泰山野核桃实生居群30份材料,陕西核桃实生居群的30份材料,新疆核桃5个品种各1份材料和云南泡核桃3个品种各2份材料进行分析,结果表明,泰山居群和陕西居群的材料各自聚为一类,与其他两个地区的核桃材料都存在一定的差异。