建立高效的专利确权制度对于保障我国创新驱动战略和国家知识产权战略的实施、创新型国家的建设都有着重要的意义。而我国现行专利确权制度运行的低效率以及呈现出的诸多问题,不仅无形中增加了专利制度的运行成本,造成了专利权人与社会公共利益的失衡,而且有损对创新激励的效果,不利于创新技术的产出和传播。因此,变革和完善现行专利确权制度已经成为我国历次专利法修改的重要内容,在专利法第二次、第三次修改时,相关完善方案没有被立法者最终采纳,在第四次专利法修改稿中也没有看到更好的变革方案,种种迹象显示我国专利确权制度的改革陷入了“死结”。导致这种情形出现的一个重要原因是对相关变革方案所遵循的理念以及可操作性,缺乏历史性的考察和系统性的论证,这也为本文的研究提供了路径和视角。本文除绪论和结语外,共有五章,总计二十余万字。第一章对专利确权的概念、特殊性、立法模式以及该制度在应然角度下的法律功能和价值进行了界定。学界关于专利确权的概念有广义和狭义之分,广义概念包括专利申请获权之前和之后的确权,狭义概念仅指专利授权后的确权。本文的研究限定在狭义概念上,研究重点包括行政确权制度及其后续的司法审查制度、司法确权制度以及具体运行的法律程序和规则。相比其他民事权利的确权,专利确权的特殊性主要体现在其对权利的法律效力将产生决定性的影响。由于受到多方面因素的影响,各个国家和地区不同时期专利确权制度的立法模式,呈现出特定历史环境下的时代特征。单独设置模式和并行设置模式在权力配置、权利义务分配和程序设置上也体现出了不同的特点和运行效果。法律功能和价值的实现是衡量专利确权制度建立是否科学、合理的应然性标准,并为其变革和调整提供了应当遵循的法律理念。专利确权制度应该在保障制度设计的目的得以实现、维护公共技术领域的正当空间、快速解决专利确权纠纷、确定专利权的合理边界以及纠正专利审查瑕疵等方面实现其应然意义上的法律功能。在制度实现的法律价值上,正义、公正和效益价值都不可偏废,在法律价值位阶上,专利权的特殊性、现行制度的突出矛盾及其发展趋势决定了效益价值实现的优先性。第二章主要对我国专利确权制度运行的历史变迁、存在的问题以及实践探索进行了分析。从我国建国以后的历史变迁来看,受大陆法系专利侵权和确权职权分离二元体制、专利法国际协调以及trips协定的影响,我国专利确权制度在立法上采取了单独设置模式,即行政确权制度。该制度运行主要经历了授权前异议和无效宣告程序并存模式、专利撤销与无效宣告程序并存模式、专利无效宣告程序单一模式三个阶段,其后续的司法审查也经历了对发明专利无效决定进行司法审查、对发明专利的撤销及无效决定进行司法审查和对三种专利的无效决定均进行司法审查三个阶段。我国现行专利确权制度在运行中存在着诸多问题,比如审级过多而导致确权时间冗长、侵权程序久拖不决;难以避免“循环诉讼”、裁判者的角色错位;诉讼规则不一致导致程序衔接不顺、当事人和解的困境;确权和侵权程序执法标准不统一等。上述问题既违背了专利确权制度本身所欲实现的正义、效益价值,也造成了行政权与司法权的矛盾和冲突。造成上述问题的具体原因也有很多,比如后续司法审查没有改判权;无效宣告的审查范围和司法审查的范围定位不准确;两种程序在事实认定上的差异等。为解决我国专利确权制度运行的低效率,在现行体制下,专利复审委和司法机关也不断调整其审查原则和对法律的适用,来试图予以解决。专利复审委通过强化依职权审查职能来提高无效审查的效率,但是,专利文件修改职能的僵化却影响了确权制度法律功能的实现。司法机关在专利案件审判中通过合法性审查范围的超越、权利要求保护范围不明确的驳回起诉、现有技术抗辩的扩大性适用、直接宣判专利无效、侵权诉讼中的裁量性中止等方式以实现对法律的创新性适用,来间接处理专利确权问题。但上述措施的实施总体来看效果不佳,既没有充分发挥出依法维护社会公共利益的职能,也破坏了现行专利确权制度规则体系运行的统一性和协调性。第三章主要对专利确权制度的现实争论和理论演变进行回顾与证成。我国现行专利确权制度性质的讨论已经成为论证其变革正当性无法回避的逻辑起点,在实定法下,专利无效宣告程序的行政属性及司法审查的行政诉讼属性毋庸置疑,这也可以从弥补专利审批的瑕疵、请求权和解决争议点的特殊性、决定法律关系性质的因素等多角度得到论证。通过对其他国家专利确权制度属性的分析可以看出,一国应该建立什么性质的专利确权制度是特定历史条件下对多种影响因素综合考量的产物,只有在特定的历史环境下考虑其性质定位才有意义。专利权不同于传统的民事权利,在保护客体、权利的法律效力、与社会公共利益的相关性方面都具有其独特的特点,因此,在建构制度时,更重要的是要考虑专利权的特殊性以及该制度所承担的特殊法律功能。传统大陆法系专利确权制度建立所依赖的职权分离理论以及英美法系建立司法确权制度的相关理论在一些国家的司法实践中逐步被修正,这主要是出于专利制度特殊性以及在特定历史阶段解决存在问题的考虑。在“问题专利”造成专利制度运行社会成本不断增大、阻碍创新的新形势下,专利制度到底是激励创新的“油门”,还是阻碍创新的“刹车板”,已经成为其变革必须要回答的问题,而充分发挥行政和司法确权制度在事后过滤机制中提升专利质量的作用,则能够更好地发挥专利制度在激励创新中的“油门”作用。行政确权和司法确权在事后过滤机制中具有各自的优势,如果能够充分发挥其不同特点以及司法权对行政权的适当限制和尊重,则对于有效提升专利确权制度的运行效率能够起到事半功倍的效果。第四章主要对国外及我国台湾地区的专利确权制度进行了考察。国际专利法协调中关于专利确权制度的协调主要体现两个公约中,《巴黎公约有关专利部分补充条约》倡导采用专利授权后异议以代替专利授权前异议,《与贸易有关的知识产权协定》规定专利确权要接受司法审查,符合程序正义。各国专利确权制度在其发展的历史长河中都经历了多次变革,总体来看,英美法系国家越来越重视行政确权制度在提高专利质量、过滤“问题专利”、降低诉讼成本方面的重要作用,而大陆法系国家也意识到司法确权制度在快速解决专利纠纷、统一执法标准、提高诉讼效率方面的效益价值。总体来看,专利确权制度的“双轨制”模式、并行设置模式日益成为主流模式,但德国坚持其单独设置模式,并在运行上进行了成功的变革和完善。同时,知识产权审判专门机构、专利确权案件司法集中管辖制度、技术调查机制的建立和完善,对于有效提升确权制度运行效率也起到了重要作用。各国专利确权制度的变革受到了宪政和司法体制、传统法律文化、当事人的利益需求、现实的物质和人力资源等多种因素的影响,呈现出不同的发展轨迹。相关国家在解决我国现行专利确权制度存在问题上的一些有益做法,比如行政确权和后续司法审查的准司法或民事诉讼的定性、专利确权二审的集中管辖和程序的简化、确权诉讼双方当事人结构的建立等,都值得我国借鉴。第五章对我国专利确权制度的完善进行了研究。我国专利确权制度的变革需要考虑当前经济社会发展背景和创新主体的需求、专利工作整体情况、相关机构的能力和资源以及宪政体制和法律文化传统等多种因素的影响。以往提出的变革方案主要立足于专利确权程序的民事或行政的性质定位,主要建议是将专利确权程序界定为准司法或民事诉讼程序,或在行政诉讼模式下赋予法院对行政确权决定的直接变更权,虽然这些方案能够解决我国现行确权制度中存在的一些问题,但是如果要落地,需要在理论和立法上做重大突破。我国专利确权制度的变革要想取得实质性进展,不能再纠缠于确权程序性质的争论,可以将变革的具体思路调整为:坚持效益价值的优先性,兼顾公平价值;在能达到有效解决现存问题、合理控制改革和运行成本、充分利用现有专业机构物质和人力资源、尽量减少不同法律之间冲突的前提下,首先考虑在单独设置模式下完善相关制度;建立专利司法确权制度,必须以可操作的基本完善的配套制度作为前提和保障。在完善我国专利确权制度具体的立法和司法建议上,本文另辟蹊径,提出近期和远期目标,近期目标是在现行单独设置模式下,形成配套制度的“组合拳”,即加强专利无效程序的全面性审查和依职权审查、准确界定司法审查的合理范围、建立司法二审法律审模式并对上诉理由进行限制以及增加单独的授权后专利文件修改程序,远期目标是在并行设置模式下建立司法确权制度,但要注意采取技术性措施来解决“双轨制”下的矛盾和冲突,同时完善相关配套制度,即建立两级知识产权法院体系和技术调查制度,这样才能达到更好的改革效果,从而真正实现我国专利确权制度的制度优化和绩效改进,切实提高该制度的运作效率。