随着全球经济一体化、世界贸易自由化和国际物流便利化进程的加速，区域经济成为世界、国家经济快速发展和经济总值攀升的一个主要的增长点和重要的增长方式；区域内各经济主体充分发挥自身优势，为区域经济的发展提供着便利和能量。中国在经历改革开放30年的发展后，逐渐形成了以长江三角洲、珠江三角洲、环渤海湾、海峡西岸等比较有代表性的区域经济主体。面对中国经济的蓬勃发展，按照中央提出的实施区域发展总体战略，中国海关也在发展中积极寻求对策，立足于国内区域经济发展的现状和方向，切实转变职能，强化服务意识，推动通关便利化，按照守法便利、违法惩戒的原则和国际通行规则做好管理、服务工作，最大限度地降低守法企业通关成本，为企业全方位参与国际经济合作与竞争提供通关便利；维护公平的国际贸易秩序，深入整顿和规范市场秩序，维护国家经济安全，为保持和促进改革发展稳定大局创造良好社会环境。但是，由于受“行政区经济”的影响，中国海关存在着不适应当下区域经济发展的地方，例如：执法尺度不统一、职能定位不清、跨关区联动、部门层级设置、进出口企业诚信管理体系不够健全、与地方政府部门联动机制不健全等；这些问题造成了海关管理的瓶颈问题，直接影响了进出口贸易的通关效率、影响了海关宏观调控和监督管理职能的发挥。针对存在的问题，本论文对新形势下海关行政机构和职能模式的整合进行论述，并结合佛山市行政区划整合这个特殊背景下佛山海关的整合，对区域经济背景下区域海关的整合进行探讨。