科学技术是人类社会实现可持续发展的重要支柱。为了确保这一支柱能够充分有效地发挥出强大的动力，不仅需要持续增加人财物的积极投入，而且须不断完善利益调节机制，以减小内耗和增强科技的产出及贡献。 当前我国仍处于传统计划经济向新型市场经济有序转型的特殊时期，资源投入、管理体制等方面存在着诸多不足，无法扼制利益冲突的盛行，亦使科技界临深履薄。为了促进我国科学技术的健康发展，较为系统而深入地探讨科学活动中的利益冲突机制和调控策略，则是本文立题研究的初衷和要旨。 本文在总结科学活动利益冲突相关理论研究的基础上，首先通过投入产出指标的对比分析，对我国科技界近年来的利益冲突状况进行了量化甄别，结果表明我国科学活动中的确存在利益冲突，但近期有好转的趋势。基于这个判断，本文引入了DEA方法计算近20年来利益冲突对科技产出的影响程度。经保守计算证明，利益冲突造成了较大的科技产出损失。其次，通过纵向和横向的比较，对科技资源的投入与配置、科技管理的体制与机构存在的问题进行了分析。结果表明，我国科技投入总量不足、配置欠妥，科技评价和奖励体制、科研管理机构和模式均存在较大问题，并存在较为严重的“马太效应”，皆为引发利益冲突的直接原因。嗣后，本文对中西方利益协调理论进行了对照分析，并就此指出，社会历史及思想理念上的差距才是造成目前体制失调、利益冲突盛行的根本原因。最后，针对前文对当前调控体制不足之处的分析，参考西方科技发达国家的发展经验，从科技投入及其配置、评价奖励体制和相关机构建设等方面提出了具体的发展目标和解决方案。