蛋白质聚乙二醇化技术可以有效地降低药物蛋白质免疫原性，延长其循环半衰期并改善其药代动力学/药效学等性质，因此成为近些年的研究热点。本论文对两种具有重要临床应用价值的药物蛋白，即重组人粒细胞集落刺激因子(rhG-CSF)和重组人复合干扰素(rhC-IFN)的聚乙二醇化策略进行了系统地研究，包括新的聚乙二醇活化方法、偶联反应过程的控制方法以及偶联产物的分离、纯化方法等等。 本论文分为三个部分。第一部分对琥珀酰亚胺碳酸酯-单甲氧基聚乙二醇(SC-mPEG)与rhG-CSF偶联反应过程的优化和控制方法进行了详细地探讨。一个重要的发现是反应pH值和修饰剂与蛋白质的比例对偶联反应有重要的影响，而且硼酸-硼砂缓冲液与通常使用的磷酸盐缓冲液相比更易于得到分子量分布较均匀的偶联产物，由此确定了最佳反应条件。为了进一步控制偶联反应，使其具有较好的可重复性，本论文首次尝试了一种新的PEG-Pellet偶联反应模式，该方法可以很好地控制反应过程中pH值波动的范围，而且即使在反应规模从5ml增加到1000ml的情况下也可以较好地保持偶联反应的重复性。第二部分建立了一种两步连续离子交换色谱分离纯化蛋白质-聚乙二醇偶联物的新方法。首先利用阳离子交换色谱除去未反应的原蛋白，然后利用阴离子交换色谱除去过量的游离聚乙二醇，并分离纯化具有不同修饰度的偶联蛋白异构体。对SC-mPEG与rhG-CSF的偶联反应过程进行有效地控制和对偶联产物进行有效地分离纯化是本论文的一个重要创新点。 第三部分为蛋白质单聚乙二醇化方法的建立。本论文首次合成了一种新型的活化聚乙二醇试剂——甲基吡啶鎓甲苯磺酸盐-单甲氧基聚乙二醇(FMP-mPEG)。然后，利用FMP-mPEG对rhG-CSF和rhC-IFN进行了化学修饰，研究发现FMP-mPEG对这两种蛋白质都有较好的选择性修饰效果，在优化条件下均可得到单聚乙二醇化蛋白质偶联物而没有其他高修饰度产物生成。单聚乙二醇化rhG-CSF和单聚乙二醇化rhC-IFN都具有分子量分布均匀、体外生物活性高等优点。新型活化聚乙二醇试剂FMP-mPEG的合成和用其制备单聚乙二醇化rhG-CSF和rhC-IFN的方法是本论文最重要的创新点。