在当前的经济形势下，科技型中小企业的作用日益凸显，代表了中国目前最为先进的生产力水平，可以说科技型中小企业是中国经济中最活跃，创新能力最强的经济成分。而江苏省又是一个以中小企业为主的省份，作为省会，南京的科技型中小企业已经成为其经济发展的一大特色。但是，同时我们也看到科技型中小企业的发展也面临着很多的困难：资金薄弱、创新实力不强、产权混乱、政府的政策歧视等等。但是广大的科技型中小企业毕竟拥有着广阔的前景。因此，研究科技型中小企业具有很强的理论价值和现实意义。 创新对于企业来说，具有至关重要的作用，决定了企业将来的发展。对于中小企业来说也是如此，技术创新是立身之本，制度创新是活力之源。无论是技术创新还是制度创新都不可偏废。 本文是立足于南京这一特定区域，通过对南京区域内的科技型中小企业的调查和研究，寻找一些规律性的东西，解决实际问题。针对这一问题，笔者曾对南京市60多家科技型中小企业进行调研，在调研过程中发现很多的问题，正是这些问题促使笔者把科技型中小企业技术创新和制度创新的问题作为硕士论文题目。在调研中所获得的大量的数据是构成这篇文章的基础素材。在对素材进行分析时，主要采取了新制度经济学的理论框架。从产权等内部制度的角度进行剖析。南京市的科技型中小企业在制度安排上存在很多问题，很大程度上制约了技术创新的发展，特别是产权制度。文中笔者提出中小企业完善自我的第一步应该是明晰产权，建立现代企业制度。在明晰产权的前提下，再通过结构化激励的方式来建立一套行之有效的内部激励制度，促进技术创新工作的进行。在对策部分中，笔者认为对企业技术创新工作影响最大的应该是企业中的两部分人：高层管理人员和技术人员。前者是技术政策、技术路线的制定者，而后者是技术政策和技术路线的执行者。抓好对这两部分人的激励，可以从根本上解决企业的技术创新问题，同时也回应了制度创新和技术创新互动的本文主题。 论文中有三个主要的创新之处：1、区域性特色，南京的科技型中小企业有自己产生、发展的规律，调研中发现的很多问题应该是针对南京本地的特点区别对待。2、通过企业内部制度建设来完善中小企业自身实力，作为解决中小企业摘要困难的一条主要途径。外部制度建设只是一种环境的保障，而不应该作为推动中小企业全部动力。3、激励制度上重视结构化的激励措施，单一的激励手段无法满足人多方面的需求，只有从多层次，多方面入手才能从根本上解决对企业员工的激励问题。 本文同时也是江苏省科技厅重点研究项目:《调动民间资本促进江苏中小企业技术创新》的一个组成部分。