基于生态环境保护之目的，将生态环境脆弱地区或者生态环境敏感保护区的居民有组织大批量的转移到新的地区进行生产生活的迁徙活动称之为生态移民。随着人们对生态环境的日益关注以及国家对大型水利水电工程建设的客观需求，我国从上世纪末期就在一些地区陆续开展了生态移民活动。然而由于各种复杂因素的影响，生态移民实践过程中仍然存在诸多问题。在我国构建“以人为本”之和谐社会的背景之下，如何协调平衡生态移民过程中公共利益与个体利益之间的关系，对利益失衡者移民群体进行倾斜保护，保障移民群体的合法权益是一个亟待解决的问题。本文运用风险社会理论及社会法学理论，采用实地调研法、系统分析法、语义分析法、文献分析法和价值分析法进行定性和定量分析。围绕南水北调中线工程水源区生态移民权益保护为主题展开，针对南水北调中线工程水源区生态移民权益保护相关概念进行界定，并对移民群体的历史变迁和生存现状进行深入细致的考察，得出南水北调中线工程水源区生态移民群体权益的保护中存在生存发展失衡、补偿方式欠妥和公共参与受阻三大问题，并以此为主线，一方面立足外在表现的法律制度方面对南水北调中线工程生态移民法律政策的体系和缺陷梳理和解析，进而找出导致权益损害之制度层面的原因；另一方面通过内在表现的法律理念方面透过法律利益和法律信仰的辨析，从而归纳出南水北调中线工程生态移民权益保护的基点和症结，综合以上分析进而从内外两个角度提出内在革新之建议，即重塑法律理念与外在革新之献策，即改良法律制度。这样才是解决南水北调中线工程水源区生态移民权益保护的有效对策和保障移民权益的必然选择。