已有的关于集聚经济的研究主要集中在产业水平或者区域经济水平,缺少从组织结构层次的分析。本文在遵循区域科学作为交叉学科这一基本特点的基础上首先引入了一个新的概念:组织的共同进化,这一思想最早来自于生物学和计算机科学。通过这一分析方法我们对区域集聚经济中组织间的相互作用进行了考察,并尝试回答两个逻辑上紧密相联的问题:(1)集聚的存在和动态演化从组织的层次讲依赖于什么样的机制?(2)如果集聚效应的发展演变存在惯性,那么从规范经济学的角度来讲,是不是每一种集聚都是我们想要的,都是可以提升整体经济效率的?本文通过微观和宏观层面分析相结合,对这两个问题做出回答。首先我们发现集中在同一个区域经济中的组织通过组织间的相互作用实现组织间的学习,每一个组织都处于一个动态的共同进化过程中。在这个过程中,组织决策的柔性起着很大的作用。组织间的共同进化可以促使组织在制度和组织结构方面获得效率的改进,同时也正是这种相互作用使得集聚经济获得长期存在和发展的内在动力。通过集聚的惯性这一概念的过渡,本文的分析在第二部分转入对集聚效应的规范经济学分析。通过建立一个两区域的经济模型我们对公共投资和集聚效应之间的关系进行了分析。我们发现,过于倾斜的公共投资政策可能导致不利于整体经济的或者弄巧成拙的产业集聚的发生,类似的产业优惠政策也可能产生同样的影响,这种可能性在产业互补的区域之间更高。这一结论对于区域经济政策的制定,以及区域间经济政策的协调有着很重要的意义。