在当前错综复杂的国际经济环境中，我国正处在经济结构调整的重大转折时期。在新的经济发展关头，这需要对经济发展方向做出重新定位，推动经济结构转型并发展创新型经济。在此历史条件下，我国将坚持创新驱动,加快建设国家创新体系,大力增强科技对经济社会发展的支撑能力。因此，把握区域创新系统运行的内在规律是顺应新形势下经济发展的必然要求。基于自组织理论的区域创新系统研究有助于我们系统分析我国区域经济发展的总体特征与发展趋势，并进一步理解区域创新系统的内在运行与演化规律。围绕本文所要研究的问题，即在自组织理论及其相关理论文献回顾的基础上，以自组织理论为核心探讨区域创新系统的自组织演化与运行规律。具体来说，本文对区域创新系统的复杂性进行了分析；以logistic模型为理论模型探讨了区域创新系统的演化过程，即对模型的参数与初始值进行设置，对区域创新系统的演化路径进行仿真实验，考察区域创新系统的内在运行规律；探讨与分析了区域创新系统的自组织演化机制；着重分析了区域创新系统自组织演化的动力，并从区域创新系统的四个子系统层面，分析了我国30个省、市、自治区创新系统自组织演化的协调度并进行了评价；运用随机前沿生产函数模型分析与评价了我国30个省、市、自治区创新系统自组织演化的运行效率，得到如下结论：1、区域创新系统具有复杂性的特征。具体表现在:区域创新系统的整体结构具有复杂性；区域创新主体的结构表现出复杂性。2、区域创新系统的演化是自组织与他组织共同作用的过程。区域创新系统自组织动力的协同学分析表明，不同层次的区域创新系统，在创新投入子系统、创新产出子系统、创新扩散子系统、创新支持子系统的影响力上是不同的。财政支出在国家创新系统、中部区域创新系统和西部区域创新系统中都是重要的序参量，但在东部区域创新系统中，对外直接投资是主导其演化的最主要的序参量。3、我国区域创新系统演化过程的经验分析表明，国家创新系统、中部区域创新系统和西部区域创新系统都处于发展的快速成长期，而东部区域创新系统则进入了成熟期，研究结果也表明，我国区域创新系统的自组织演化过程呈现出logistic增长规律。4、运用SFA方法分析我国区域创新系统自组织演化的运行效率的结果表明：考虑影响因素与不考虑影响因素的模型估计结果都说明，我国区域创新系统在时间与空间上都存在一定差异，东部地区高于中西部地区。区域创新效率值的收敛性检验表明，在国家区域层面，我国30个省、市、自治区的区域创新效率值并不表现出收敛性的特征；东部区域间、中部区域间也都没有呈现收敛性趋势。但从西部区域层面来看，西部地区各省市之间的创新效率差距具有显著收敛的趋势。最后，本文基于实证与经验研究所得到的结论，对我国区域创新系统的建设提出了若干简单的政策建议，并指出了今后研究需要努力的方向。