短串联重复序列在河南汉族人群的遗传多态性研究

来源 :郑州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:LoneStrong
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
背景与目的:  人类的基因组DNA约有3×109bp,其中约10%为串联重复序列,称之为卫星DNA,一般情况下,按照其重复单位长短的不同分为大卫星、中卫星、小卫星和微卫星。其中微卫星(microsatellite analysis)由2~6bp的重复单位组成,又被称为短串联重复序列(Short Tandem Repeat,STR)。然而由于在DNA复制过程中的滑动、复制和修复时滑动链与互补链碱基的错配,会导致一个或几个重复单位的缺失或插入,从而产生短串联重复序列。短串联重复序列是具有长度多态性且存在于人类基因组DNA中的一类DNA序列,核心序列根据数目不同而呈串联重复排列,并且呈现出100-300bp片段长度的多态性。人类基因组DNA中平均每6~10kb为一个STR位点间隔,一般认为,不同个体的基因组卫星DNA也会有不同的重复单位数目,从而形成了复杂的等位基因片段长度多态性;因短串联重复序列遗传符合孟德尔遗传定律,鉴于此特点,其多态性被广泛应用于法医物证检验个体识别和亲子鉴定中。比较容易扩增的基因座片段一般在400bp以下,且PCR扩增成功率高,检测灵敏度好,对DNA的质量要求不高,且重复性好,非常适用于陈旧、微量甚至腐败检材的DNA分型鉴定,STR基因座分型程序明确、方法规范简便,分型判型准确,所得分型结果图形简单,有利于实现DNA的分型标准化和自动化,广泛的应用在人类的遗传学研究中。河南地区是拥有一亿多人口的大省,其汉族群体的遗传学特征对北方汉族人群有很好的代表性,本实验通过24个STR基因座进行PCR复合扩增对河南汉族人群进行分析,以获得河南汉族人群这些基因座的群体遗传学数据。通过收集中国其他省份、其他民族12个群体的STR基因座频率数据,从而计算分析不同民族群体间的遗传距离,构建了多个民族间的系统发生树,以探讨他们的遗传关系。并选取巨细胞病毒及人乳头瘤病毒进行扩增,分析验证PowerPlex?Fusion System扩增系统能否对自然界中常见的病原微生物产生检测信号,从而证明PowerPlex?Fusion System扩增系统是否有特异性。  材料和方法:  采集1503名无亲缘关系的河南汉族个体血样样本,2%EDTA抗凝,全自动核酸提取仪、Chelex-100法提取基因组DNA;用PowerPlex? Fusion System荧光标记试剂盒复合扩增24个基因座,包含22个STR基因座(D3S1358,D1S1656,D2S441,D10S1248,D13S317,PentaE,D16S539,D18S51,D2S1338,CSFlPO,PentaD,TH01,vWA,D21S11,D7S820,D5S818,TPOX,D8S1179,D12S391,D19S433,FGA,D22S1045),1个Amelogenin基因座以及1个Y-STR基因座(DYS391);利用毛细管电泳荧光自动检测系统对复合扩增产物进行检测和分型,以Genemapper ID-X软件判读各检测个体的基因型。χ2检验判断各STR位点的基因型分布是否符合Hardy-Weinberg平衡定律,PowerStatsV12软件计算各基因座频率,观察杂合度(Observed heterozygosity,Hob),期望杂合度(Expected heterozygosity,Hex),个体识别率(power of discrimination,PD),多态性信息含量(Polymorphism information content,PIC),非父排除率(Power of exclusion,PE)及匹配概率(Matching probability,MP),并计算23个基因位点累积PD、PIC、MP等统计量。通过收集不同地区或不同民族的12个参考人群的STR基因座频率数据并对这些群体计算遗传距离矩阵;增加至14个参考人群来计算Neis的距离和建立系统发生树。通过对12个地区人群的原始基因型计算,从而对每两个民族在每个位点上的差异值进行分析(Fst值分析)。采集巨细胞病毒及人乳头瘤病毒阳性标本各30例,用PowerPlex? Fusion System荧光标记试剂盒复合扩增24个基因座,计算成功率。  结果:  1.22个常染色体STR基因座具有高度多态性:对1503例河南地区汉族人群无亲缘关系的无关个体的22个常染色体STR位点及1个Y-STR位点基因座进行检测,分别检出了10、17、13、10、11、29、9、21、13、10、12、6、10、20、12、8、9、13、17、21、21、9、6个等位基因。其基因频率分别分布在:0.0003-0.3600、0.0003-0.3070、0.0003-0.3270、0.0010-0.3960、0.0003-0.2740、0.0003-0.1230、0.0003-0.2890、0.0003-0.2290、0.0003-0.2100、0.0003-0.3860、0.0003-0.3060、0.0180-0.5270、0.0003-0.2500、0.0003-0.2880、0.0003-0.3440、0.0020-0.3430、0.0003-0.4970、0.0003-0.2450、0.0003-0.2310、0.0003-0.2860、0.0003-0.2320、0.0030-0.2490、0.0010-0.7200之间。  2.遗传距离和进化树分析得出了以下结论:山东、吉林、甘肃汉族人群与北方汉族聚为一类。系统发生树的结果显示:傣族、广东汉族、江苏汉族3个族群紧密的聚在一起,究其原因,从西晋永嘉之乱时期到五代时期中原大乱,中原汉族大批迁往广东、福建、广西、云南等地,从而可以看出他们在起源、迁移上关系甚为密切。  3.从MDS或系统发生树可以看出:广东汉族与傣族有着紧密的关系,甚至从发生树中看出广东汉族与傣族是最为接近的族群,出现这种结果可能是由于缺乏其它中国南方人群数据的比较。而同是河南汉族,但在MDS图及系统发生树上也存在小的差异。  4.Fst值比较显示,吉林汉族、山东汉族、甘肃汉族、北方汉族、西北地区汉族、河南汉族聚为一大类。然而,尽管不同的地区汉族人群的遗传距离接近,但由于存在地域的差异,青海汉族、蒙古族、维吾尔族、傣族、广东汉族等与河南地区汉族人群的遗传距离要明显大于山东、吉林、甘肃、西北地区汉族与河南地区汉族人群的遗传距离。由此可以看出,中国汉族人群STR基因频率分布与地理距离呈平行关系。中国南北方汉族人群之间存在遗传差异。  5.通过对巨细胞病毒及人乳头瘤病毒阳性样本检测分析显示,巨细胞病毒及人乳头瘤病毒均未产生检测信号。  结论:  该PowerPlex? Fusion System试剂盒所含22个常染色体STR联合使用时,在河南汉族中具有极高的多态性、个体识别力和父权排除率,完全可以用于河南汉族的亲子鉴定和个体识别工作,并可用于DNA数据库建设的候选或补充位点;对23个STR基因座的检测灵敏度及实际案件中的应用效率等问题进行研究,结果表明23个STR基因座具有较高的检测灵敏度,应用多位点复合PCR扩增技术及毛细管电泳分型技术在实际检案中具有良好效果。该PowerPlex? Fusion System扩增系统所包含的24个STR位点只能对人类的DNA进行检测,而对自然界中常见的病原微生物不能产生检测信号,不会产生假阳性及交叉反应,PowerPlex? Fusion System扩增系统具有很强的特异性。
其他文献
又到了学期临近结束之际,写评语再次提上班主任的工作日程。如何正确认识和写好评语,是我们尤其是年轻的班主任们必须认真思考和对待的问题。    要用心写评语  让评语具有教育性    用心写评语,即班主任写评语不能应付了事,而要付出心血与真诚,对所写评语的教育折射功能要有清醒的认识,不能低估了它。   评语是对学生进行思想品德教育的重要手段,是与家长进行沟通交流的重要通道,是班主任师德修养与管理水平的
大田洋芋利用块茎做种,在繁殖过程中易受病、虫危害,从而导致退化,甚至丧失种用价值。近年来,由于病毒病害的蔓延,使这粮菜兼用的作物产量不高不稳。其主要原因是种子退化严
建筑电气的施工质量关系着用户在使用中的安全问题,为此,必须要加强质量控制管理。本文从室内布线、防雷接地、配电箱等三方面分析了当前建筑电气施工中常见的质量问题,并详
百色市是属老革命根据地和少数民族边远山区,地处亚热带,具有高温、多雨、日照长的自然优势,适宜种植甘蔗、芒果、油茶等经济作物。1985年全市种蔗2.9万多亩,总产甘蔗9.15万
目的:初步探索大学生科学体育健身知晓的情况.方法:运用问卷调查四川师范大学学生,结果:(1)大部分学生选择篮球、足球运动进行健身(2)绝大多数学生认可体育的健身功能,认为体
为了给陕北的牧草合理布局及发展畜牧业提供科学依据,我们于1985年—1986年对不同立地条件沙打旺的生长发育情况与土壤水分关系进行了试验研究。(一)不同坡向沙打旺生长发育
背景和目的空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)经肠道感染,引起以腹泻为主的急性肠炎,也可导致反应性关节炎和Guillain-Barrre综合征等并发症,故该菌是重要的食源性病原菌。空肠弯曲菌依赖鞭毛的定向趋化运动,穿越粘膜表面粘液层到达空肠及回肠黏膜细胞表面定植,然后大量繁殖引起疾病。近年文献报道,不少细菌定植趋化运动受趋化(chemotaxis,che)相关二元信号系统(two
1984年我县从绵阳等地,引进小麦良种“81—5”进行试种,产量高低悬殊,为了弄清良种小麦“81—5”在我县四个自然区划的适宜播期,县农技站于85年按自然区划,分10月31日、11月
1987年4月四川省农作物品种审定委员会第五次常委会审(认)定通过了我省第四批准予在生产上大面积推广使用的农作物新品种,这次共计公布7类作物、20个品种,我们将陆续介绍给
工业革命时期,英国经济迅猛发展,但在社会治理尤其是犯罪和监狱治理方面仍存在混合羁押、 管理不善等诸多弊端.这一时期出现了一大批监狱改革倡导者,其中19世纪初杰出的监狱