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目的：筛查在甲状腺癌中特异性甲基化的基因,检测PAX9、SLC5A8、CDH13及ZBED3在甲状腺癌、癌旁组织及甲状腺良性病变中的甲基化异常,探讨基因甲基化在甲状腺癌的发病机制、临床诊断及预后中的意义。方法：应用MSP(methylaiton-specific PCR)法筛查在正常甲状腺组织和甲状腺癌中差异甲基化的基因,得到PAX9、SLC5A8、CDH13及ZBED3四个甲状腺癌特异性甲基化基因,在甲状腺癌、癌旁组织、甲状腺良性病变及正常组织中检测四个基因的甲基化情况,结合临床信息,分析基因甲基化对临床诊断和预后的意义。结果：PAX9、 SLC5A8、CDH13及ZBED3在甲状腺癌中的甲基化率分别为33%、28%、32%及17%,而在癌旁组织中的甲基化率分别为33%、37%、30%及17%。四个基因的甲基化程度在甲状腺癌和癌旁组织之间无明显差异。PAX9、SLC5A8、CDH13及ZBED3在甲状腺良性病变中的甲基化率分别为38%、43%、14%及57%,而在配对的正常组织中的甲基化率分别为13%、14%、29%及14%,故PAX9、SLC5A8及ZBED3三个基因在甲状腺良性病变中甲基化程度较病变周围的正常甲状腺组织高。当PAX9、 SLC5A8、CDH13及ZBED3四个基因分别与临床信息进行分析时,SLC5A8甲基化阳性的甲状腺癌病例发生双侧病灶和颈部淋巴结转移阳性的概率分别为35%和76%,大于SLC5A8甲基化阴性的病例(分别为15%和52%),而ZBED3甲基化阳性的病例的病灶直径平均值大于甲基化阴性的病例(19.5mm VS.14.2mm),其余基因的甲基化与患者年龄、病灶位置、病灶数目、病灶大小及颈部淋巴结转移均无具有统计学意义的相关性。当PAX9、SLC5A8、CDH13及ZBED3四个基因联合与临床信息进行分析时,在PAX9、SLC5A8、CDH13及ZBED3四个基因甲基化联合分析呈阳性(M1)的甲状腺癌中,双侧病灶、病灶≥15mm、Ⅵ区淋巴结转移阳性及颈部淋巴结转移阳性的概率分别为33%、50%、69%和74%,大于四个基因甲基化联合分析呈阴性(MO)的病例(分别为0%、10%、30%及30%),且差异具有统计学意义。结论：PAX9、SLC5A8、CDH13及ZBED3在甲状腺癌、癌旁组织及甲状腺良性病变中的甲基化程度增高,但在甲状腺癌和癌旁组织之间甲基化程度无明显差异。PAX9、SLC5A8、CDH13及ZBED3四个基因甲基化联合分析与甲状腺癌的病灶位置、病灶大小、VI区淋巴结转移及颈部淋巴结转移相关,有助于甲状腺癌原发灶和淋巴结转移情况的预测,从而辅助甲状腺癌分期、治疗及预后。