随着我国加入WTO和社会主义市场经济体制的建立与完善，原有计划经济条件下建立起来的科技管理体制越来越不适应科学技术的发展和市场经济的要求，科研院所体制改革的目标，是要在科研院所建立现代企业制度和产权制度，建立新的管理体系和职工保障体系，使科研院所面向市场，在科技发展中发挥更重要的作用。　　 论文首先通过对国内外科技体制改革的动态研究和对比分析，阐述了科研院所进行转制的必要性。其次，系统地探讨了我国科研院所转制中需重点解决的系列问题，如：战略定位不清晰，成果转化率低，人才结构不合理，缺乏激励约束机制等。在详细描述和分析了产权理论、现代企业制度理论、人力资源理论、激励理论的基础上，提出了相应的对策，即：以产权制度改革，准确定位，提高成果转化率，走产业化道路等途径，通过走应用研究——成果转化——产出——投入——再应用研究——可持续发展的路子，形成应用型科研院所发展的良性循环，做强做大企业，最终实现科研院所成功转型为科技型企业。最后在CQ研究院转制的实证研究中，提出了“公益研究与产业发展并重，促进成果转化，做大产业，再反哺公益研究”的应用型科研院所改革与发展模式。