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大豆灰斑病（Cercospora sojina Hara）是世界性病害，也是我国东北大豆主要病害之一，危害非常严重。本研究收集了黑龙江省94份大豆灰斑病种质资源，利用RAPD和SSR技术对种质资源间的遗传关系、大豆灰斑病10个生理小种的专化抗性进行了研究。主要研究结果如下： 1.对94份大豆灰斑病种质资源进行了10个生理小种的抗性鉴定，并用RAPD技术研究了种质资源间的遗传关系。其中，抗8个生理小种以上的材料共有17份，感8个生理小种以上的材料共有15份。41条引物共扩出485条带，多态条带总数为145条。材料间的相似系数介于0.43-0.96。用SSR技术对其中48份进一步进行了研究。61个SSR引物共在48个大豆品种或品系中得到197个等位基因，材料间的相似系数介于0.17-0.92。 2.根据大豆灰斑病种质资源10个生理小种的抗感鉴定结果与RAPD和SSR的分子数据，得到了许多与各生理小种专化抗性有关的分子标记。相似度大于0.7，Fisher准确性测验达到显著相关的有RAPD引物C07-2、F02-3、Q12-3和SSR引物Sat108-b、Sat121-b、Satt049-c、Satt199-b、Satt239-c、Satt247-d、Satt303-b、Satt371-a、Satt453-a、Satt516-c、Satt543-b、Satt587-a、Sct186-a、Sct186-e、Sct186-f、Sct189-b、SOYPRP1-a，可以建立各生理小种的分离群体进一步确定连锁距离。 3.对RAPD、琼脂糖分离的SSR、聚丙烯酰胺分离的SSR在揭示大豆灰斑病种质资源平均等位基因数、预期异质结合度和相似系数进行了比较。结果表明：聚丙烯酰胺分离的SSR得到的平均等位基因数最多，预期异质结合度最大，相似系数最低；琼脂糖分离的SSR次之；RAPD再次。说明聚丙烯酰胺分离的SSR揭示种质资源多态能力最强。SSR聚类结果与RAPD技术有差异，但两种SSR技术聚类结果吻合得很好，相关系数达到显著水平。 4.本实验结果表明：40566、40567、91-135、东农39；9674；1574、1572三组抗病材料在聚类树状图上分组明显，说明这三类抗病材料抗性来源有可能不同，可作为亲本相互杂交以富集不同抗性，拓宽今后育成品种的遗传基础。 5.RAPD和SSR数据聚类结果表明：大豆灰斑病种质资源的部分材料是同一育种单位内的聚到一起，而大部分材料是各育种单位间相互交织在一起。说明了各育种单位材料间亲缘关系相近，抗病育种选择的亲本间亲缘关系相近。黑龙江省大豆灰斑病种质资源的遗传基础狭窄，急需拓宽，以育出抗性更强、抗谱更广、抗病更持久的品种。