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半滑舌鳎、牙鲆是我国重要的海水养殖鱼类，与另外三种鲆鲽鱼大菱鲆、圆斑星鲽、条斑星鲽一起，成为北方海水鱼养殖业的主导。目前，这两种鲆鲽鱼的野生资源正在减少，其资源状况处于非常严峻的形势。同时，养殖场的增多、养殖规模的扩大促进了养殖业的快速发展，然而养殖环境的日益恶化导致了养殖病害频发，生长速度也大大降低。在造成巨大经济损失的同时，还制约了其他相关产业的持续发展。相对于依靠表型进行选育的传统方法，分子标记辅助选育受环境因素的影响较少，尤其是对于某些与生长、抗病等相关的数量性状，能增强其选择效率，提高选选育的准确性，缩短育种的周期。本文通过半滑舌鳎和牙鲆基因组测序获得的大量的微卫星DNA序列分别构建了半滑舌鳎和牙鲆的雌、雄高密度遗传连锁图谱。主要的研究结果如下：1.半滑舌鳎遗传连锁图谱的构建对父母本和92个子代个体进行遗传分析，共定位1023个微卫星标记和1个SCAR标记，雌性图谱包括845个标记，包括21个连锁群，标记密度为1.89cM，图谱覆盖长度为1526.7cM；雄性图谱包括818个标记，也包括21个连锁群中，标记密度为2.03cM，图谱覆盖长度为1584.0cM。雌、雄性基因组估算长度分别为1608.4和1671.5cM，图谱覆盖率分别达到94.9%和94.8%。每个连锁群长度变动在38.7-101.7cM之间，连锁群上的标记数在23-74之间。通过合并同源连锁群的方法构建了半滑舌鳎整合图谱，包括21个连锁群，有效位点数位1003个，每个连锁群含30-87个标记，连锁群长度在42.5-110.6cM之间，所有标记平均间隔为1.70cM，图谱长度为1667.3cM。此外，共筛选出性别连锁微卫星标记159个，其中5个标记被鉴定并定位在连锁群上。该图谱能够进行精确的QTL定位分析和基因定位相关研究，为开展半滑舌鳎基因和QTL的精细定位及分子标记辅助育种（MAS）等提供更有效的依据。2.牙鲆遗传连锁图谱的构建利用09年建立的10号家系为作图群体，对父母本和80个子代个体进行遗传分析，共筛选出可分离标记947并用于连锁图谱的构建。雌雄图谱分别由24个连锁群组成，其中雌性图谱标记713个，图谱总长度1597.3cM，标记平均间隔为2.39cM。雄性图谱定位标记672个，图谱总长度1608.1cM，标记平均间隔为2.56cM。雌、雄性基因组估算长度分别为1716.3cM和1735.8cM，图谱覆盖率分别达到93.1%和92.6%。每个连锁群长度变动在34.9～86.4cM之间，连锁群上的标记数在10～46个之间。整合图谱总长度为1733.8cM，标记间平均间隔为2.22cM，覆盖率为94.0%。雌性的重组率略高于雄性，重组率比值为1.1：1。本研究利用两种鲆鲽鱼基因组测序获得的大量微卫星序列，构建了半滑舌鳎和牙鲆微卫星遗传连锁图谱。图谱的密度可以满足两种鱼类的精确地数量性状和重要目的基因的定位。