思茅木姜子(Litsea szemaois(Liou)J.Li el H.W. Li)，隶属樟科(Lauraceae)木姜子属(Litsea)，是分布于我国云南西双版纳热带季雨林的狭域、濒危的高大木本植物。本研究利用AFLP分子标记对该物种分布区内发现的8个自然居群进行了遗传多样性与遗传结构的分析；同时将采自野外不同自然居群的29株幼苗作为一个迁地居群，用AFLP分子标记检测了该迁地居群的遗传多样性。 利用三对引物对8个自然居群103个个体进行了扩增，共产生出203条带，其中164条为多态性条带；迁地居群的29个个体共扩增了194条带，其中122条为多态性条带。 分析结果表明，思茅木姜子自然居群有相对较高的遗传多样性：在物种水平上，多态位点百分率PPB=80.79％，Nei’s基因多样度指数h=0.1595，Shannon多样性信息指数I=0.2642，Bayesian估计的遗传多样性指数hs=0.1947；在居群水平上，PPB=31.04％，h=0.1025，I=0.1545，hs=0.1589。AMOVA分析的结果显示，思茅木姜子的遗传变异大多数存在于居群内，占总遗传变异的77.48％，而居群间的遗传变异仅占22.52％。基于Nei’s遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数G<,st>=0.3403；Shannon居群分化系数为0.4150，基于Bayesian算法得到的θ<β>值为0.2164；各居群间的遗传一致性都很高(0.8871-0.9699)，但还存在一定程度的遗传分化。Mantel检测发现，居群间的遗传距离和地理距离之间不存在显著的正相关关系(r=0.2111，P=0.8042)。居群间存在有限的基因流，可能跟西双版纳复杂的地形或者是传粉昆虫的近距离传播以及种子的重力传播有关。迁地居群遗传多样性高于自然居群的平均水平，保存了该物种60％左右的遗传变异。 我们推断生境的片断化并没有导致思茅木姜子遗传多样性丧失和居群间遗传分化加剧。考虑到目前其遗传多样性水平虽然很高，但各居群个体数量很少，因此应该对思茅木姜子各居群的所有个体实施及时的就地保护。但有限的人力和资金决定了这样的保护措施在具体实施时存在困难，而本研究对自然居群的遗传多样性分析揭示思茅木姜子遗传变异大部分存在于居群内的个体间，因此提出在就地保护时重点保护遗传多样性丰富的一个或者几个居群，例如曼点居群个体数较多、遗传多样性较高、有大量幼苗存在可考虑优先保护；在迁地保护时应尽可能地在居群内大量采样。此外，对迁地居群遗传多样性分析显示由29株幼苗组成的迁地居群可能在一定程度上保护该物种。