实验室作为高职院校完成实践教学的平台，实现教学目标的重要场所，它的管理模式研究有着极其重要的意义。面对高校扩招竞争、内部机构优化等压力，高职院校作为社会应用型人才培养的机构，如何通过优化实验室管理，建立和完善实践教学的质量保障体系，是当前高职院校急需解决的重要课题。综观高职院校的实验室管理模式，通常参考国内普通高校的实验室管理经验，尚未根据自己的教学特色建立合适的管理风格；由于高职院校的实验室管理方式主要是基于分工细化的职能型管理，在运作过程中存在不少问题，本文以FS高职院校作为考察对象，通过对其现行的管理现状进行详细的分析，探讨高职院校在实验室管理中普遍存在的问题，如资源共享性差，利用率低、管理僵化等。通过介绍先进的流程管理思想和信息化技术对管理的影响，在FS高职院校实验室管理优化设计中，引入流程管理的思想，提出以先进的流程化管理思想为基础，结合校园信息化建设的有利条件，创建有FS高职院校自己特色的实验室管理体系。本文以FS高职院校为试点的研究，通过实施新的流程型管理，变传统职能管理为面向流程管理，以达到提高实验室管理质量，缩短办事周期，提高学校实验室资源的利用率和师生满意度的效果。