一个合理的组织结构能够保障企业正常运作，从而最终能够实现战略目标。因此组织结构是企业管理中一个重要的组成部分，支撑着企业的发展。本文研究对象是海船研科技股份有限公司军工部，由于组织结构与企业发展形势不匹配造成部门协作过程中凸显各种矛盾，因此通过对中海船研军工部的部门组织结构优化进行研究，给出适合的优化方案来提升部门运作效率。本文援引国外组织理论研究，对古典组织理论、行为组织理论以及现代组织理论进行了分别阐述，并对国内军工企业的组织管理现状进行了分析。同时分析了简单组织结构、直线职能式组织结构、事业部式组织结构以及矩阵式组织结构。并对变革实施采用的方式以及各种变革模型进行而来理论阐述。完成理论阐述后，对中海船研进行内外部环境分析，结合同行业组织结构现状分析，并对部门内部63%的员工进行调研，总结出对军工部采用矩阵式组织结构优化方案。希望通过对部门采取矩阵式结构进行优化从而提高部门的运作效率。在给出优化建议后，还探讨了变革实施的过程与风险控制方法，以提高变革实施的成功率。