六神曲指由面粉、赤小豆、苦杏仁、鲜青蒿、鲜苍耳、鲜辣蓼按一定比例混匀后经过微生物发酵而制成的曲剂,具有消食健胃、和中止泻的功效。百药煎是由五倍子、茶叶与酒曲经发酵制成的表面布满“白霜”的块状物,具有清热化痰、生津止咳的功效。上述两种药物传统炮制过程为杂菌自然发酵,不同产地的微生物种类和数量存在较大的差异,影响产品质量,还可能污染某些致病菌和毒素,从而对病人的身体健康产生不利的影响。因此,分离与鉴定六神曲和百药煎炮制过程中有益微生物菌群,有利于建立其现代混合发酵炮制工艺,进而控制其质量及疗效。本文以六神曲和百药煎生产炮制过程中的样品为研究对象,应用经典的微生物分离纯化方法,从样品中分离纯化各种微生物,结合形态学特点、生理生化特性和16S rRNA或18S rRNA基因序列分析,对分离获得的微生物进行初步菌种分类鉴定。同时,对分类鉴定的菌株进行特性分析和产消化酶的能力测定,为后续建立现代发酵炮制工艺奠定了菌种基础。本论文主要研究结果如下:对三批不同厂家的六神曲样品进行微生物分离与纯化,其中第一批样品分离得到细菌6株、乳酸菌1株、酵母菌3株和丝状真菌4株;第二批样品分离得到细菌5株、乳酸菌1株、酵母菌2株和丝状真菌4株;第三批样品分离得到细菌5株、乳酸菌1株、丝状真菌4株。根据初步鉴定结果,剔除类同的菌种,总共分离获得细菌11种、乳酸菌2种、酵母菌4种和真菌9种。结合形态学特征、生理生化特性和分子生物学鉴定,11种细菌分别被鉴定为:成团泛菌、琥珀葡萄球菌、阿氏肠杆菌、大肠杆菌、枯草芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌、醋酸钙不动杆菌、路德维希肠杆菌、甲基营养型芽孢杆菌、阪崎肠杆菌、粪肠球菌1;2种乳酸菌分别为戊糖片球菌、粪肠球菌2;4种酵母菌分别为伯顿生丝毕赤酵母、汉氏德巴利氏酵母、库德里阿兹威氏毕赤酵母和扣囊拟内胞霉;9种丝状真菌分别为卷枝毛霉、总状毛霉、尔青霉、亮白曲霉、米根霉、米曲霉、烟曲霉、伞状毛霉、青霉菌。由于阪崎肠杆菌、大肠杆菌和烟曲霉为已知的致病菌,在后期纯种发酵研究中去除这些菌株。六神曲炮制过程中微生物菌数变化的研究发现:多数菌种在炮制过程中呈现先上升再下降的趋势;部分菌种在炮制过程中呈逐渐下降的趋势;部分菌种只在炮制后期出现。对分离有益微生物进行特性分析,发现部分菌株具有产消化酶能力。枯草芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌、甲基营养型枯草芽孢杆菌、扣囊拟内胞霉、尔青霉、亮白曲霉、青霉菌同时具有产淀粉酶和蛋白酶能力;伞状毛霉具有产蛋白酶能力;伯顿生丝毕赤酵母、米曲霉具有产淀粉酶能力。从一批百药煎样品中总共分得细菌4种和丝状真菌4种。结合形态学特点、生理生化特性和分子生物学鉴定,4种细菌分别被鉴定为枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、坚强芽孢杆菌和芽孢杆菌;4种丝状真菌分别为黑曲霉、塔宾曲霉、产黄青霉1和产黄青霉2。产酶能力测定发现:枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、塔宾曲霉同时具有产淀粉酶和蛋白酶能力,产黄青霉1具有产蛋白酶能力,产黄青霉2具有产淀粉酶能力。