辛亥革命史研究是吴雁南先生学术研究的主要内容之一。吴雁南先生在辛亥革命史研究方面取得了杰出的成就。关于辛亥革命时期中国社会的主要矛盾,他认为,义和团运动失败以后,一方面引起义和团爱国运动的矛盾并没有解决,帝国主义对中国的侵略进一步加深了;另一方面由于义和团运动沉重地打击了帝国主义瓜分中国的阴谋,帝国主义不得不采取比较温和的侵略中国的方式,显示出中国社会内部矛盾的特别尖锐性。辛亥革命时期中国社会的主要矛盾既同义和团运动时期有所差别,又不是只包括一个反封建的主要矛盾,而是中国人民同帝国主义、封建统治者同盟之间的矛盾。他较早明确地提出了“同盟矛盾论”的见解,形成为有关辛亥革命时期中国社会主要矛盾的第三种观点,并且为后来意见趋向一致奠定了基础。他成为第三种学术观点的主要代表。关于资产阶级革命派与农民的关系问题,他认为,农民是资产阶级革命的天然的同盟者和主要的社会支柱,双方都有反对帝国主义和封建主义反动统治的共同要求,革命派的纲领成为二者联盟的政治基础;革命派对农民问题有不同程度的重视,“平均地权”在一定程度上反映了农民的土地要求;革命派通过会党同广大工农群众建立起了一种特殊形式的联系,二者存在着一种松懈的革命联盟关系。农民群众同资产阶级革命派建立联盟,对辛亥革命取得推翻清朝的胜利起了十分重要的作用。他的论述支持和丰富了革命联盟说。吴雁南先生对辛亥革命史其他问题,如会党和民变、人物评价、辛亥革命时期社会思潮以及儒学对辛亥革命的两重性影响等问题都有较为深入的研究。他对会党的性质、地位和历史作用作了积极肯定的评价,在学术界占有一席之地。他遵循历史唯物主义的基本原理,对具体问题作具体分析,不以人划线,对黄兴、章太炎、宋教仁等争议较大、评价较低的人物给予了积极肯定的评价。他从文化的角度剖析儒学对辛亥革命的影响,扩大了辛亥革命史的研究领域,很有新意。吴雁南先生是我国当代著名的历史学家,他成名于太平天国史研究,著名于辛亥革命史研究,留名于中国近代社会思潮研究。辛亥革命史的研究进而触发了他的中国近代社会思潮以及传统儒学的研究,并取得了巨大的成功。辛亥革命史研究在他整个的学术研究中起着承上启下的重要地位。吴雁南先生在辛亥革命史研究中极为重视文献资料的研读,善于吸收已有的研究成果,大胆创新。他的研究成果和治学经验给后学者以很多有益的启示。